1.創(chuàng)建PBS腳本 #如何在linux下創(chuàng)建一個(gè)可運(yùn)行shell腳本 #新建一個(gè).sh文件 touch cellranger.count.sh #編輯test.sh文件 vi...
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Linux中如何判斷一個(gè)軟件是否安裝？
出于各種原因，要判斷實(shí)際需要的東西在哪個(gè)軟件包里，需要有點(diǎn)兒小技巧。 可以使用which命令來(lái)查找相關(guān)的二進(jìn)制程序是否在搜索路徑中: 如果which沒(méi)有找到要找的命令，那么可...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（一）：Getting Started with Monocle
Monocle包是一個(gè)強(qiáng)大的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析工具，它引入了一個(gè)對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行排序的新方法（擬時(shí)序分析），通過(guò)利用不同細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控的異步過(guò)程，將它們沿著與生物過(guò)程（如細(xì)胞分化...
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個(gè)線(xiàn)性DNA分子組成。細(xì)胞核中的DNA是經(jīng)過(guò)高度有序的包裝，否則就是一團(tuán)亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達(dá)調(diào)控。這種有序的狀態(tài)...
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Diffusion Map在單細(xì)胞中的應(yīng)用單細(xì)胞降維 基于單細(xì)胞表達(dá)矩陣的降維方式有很多，例如UMAP，t-SNE，PCA等，而Diffusion Map是基于非線(xiàn)性的降維模式。對(duì)于單細(xì)胞表達(dá)譜而言，該降維方法有利于...
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實(shí)驗(yàn)記錄13: scanpy細(xì)胞分化軌跡推斷大型真香現(xiàn)場(chǎng)
與上次翻車(chē)實(shí)驗(yàn)的不同： 過(guò)濾了更多的細(xì)胞和基因。在處理數(shù)據(jù)時(shí)，低質(zhì)量的細(xì)胞一定要清除掉，告誡大家寧缺毋濫。。。否則后續(xù)分析真的是一堆的噪點(diǎn)。 跳過(guò)了scanpy中的降噪步驟。...
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單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocityRNA velocity原理此前已經(jīng)介紹過(guò)，參考單細(xì)胞測(cè)序的軌跡推斷[http://www.itdecent.cn/p/83c532234dc0]。 1. loom文件準(zhǔn)備...
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GWAS分析-說(shuō)人話(huà)（1）什么是GWAS，都分析啥？
前言 “沒(méi)有什么比知道我們自己正在做什么更重要了” ——小史，20191121之感觸 這...
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GWAS學(xué)習(xí)筆記（1）-何為GWAS一、何為GWAS？ GWAS（Genome-wide Association Study）是對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍的遺傳變異（標(biāo)記）多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè)，獲得基因型，進(jìn)而將基因型...
