在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載文件有很多種方法： 一.利用R語(yǔ)言下載（本文重點(diǎn)介紹這個(gè)） 方法1：TCGAbiolinks包（首推這個(gè)方法??！目前沒(méi)發(fā)現(xiàn)明顯缺點(diǎn)） 方法2：RTCGAT...
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載：多種方法及優(yōu)缺點(diǎn)介紹 -
TCGA數(shù)據(jù)挖掘五：突變數(shù)據(jù)畫(huà)圖一.整理并加載數(shù)據(jù) （這里沒(méi)有把整理數(shù)據(jù)步驟放進(jìn)去，直接加載的已經(jīng)整理好的maf文件） 二.把基因突變情況可視化 三.畫(huà)基因突變瀑布圖 縱是基因，取的突變數(shù)量前30個(gè)；橫的是...
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ATAC-seq分析實(shí)操生信技能樹(shù)健明教程放在最前面的參考鏈接：給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻) 數(shù)據(jù)來(lái)源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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ROH、近交系數(shù)、親緣系數(shù)、IBD、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
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重磅干貨：外顯子的那些疑問(wèn)
作者：Raymon T編輯：angelica 外顯子組分析有助檢測(cè)出和疾病相關(guān)的編碼區(qū)突變，從而研究DNA變異對(duì)正常生物學(xué)機(jī)制與疾病發(fā)病機(jī)制的影響。繼上篇關(guān)于外顯子在實(shí)驗(yàn)方面...
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R-可視化之顏色與色板選擇在用R繪圖時(shí)，顏色設(shè)置是美化過(guò)程中不可缺少的一步，這次簡(jiǎn)單的學(xué)習(xí)與總結(jié)一下。 一、在R中顏色的表示 （1） 顏色的名字 built-in color names R內(nèi)置了65...
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ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫(xiě)在前面 腳本方面充斥著CHATGPT，復(fù)制粘貼。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過(guò)，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫(xiě)，難免存在錯(cuò)誤各種排版，細(xì)節(jié)問(wèn)題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
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利用基因組信息改善牲畜 -綜述（2019）閱讀Michel Georges綜述的筆記。這邊綜述從家畜物種（即牛、綿羊、山羊、豬、家禽和鮭魚(yú)）的可用基因組資源的狀況，以及如何使用這些資源來(lái)加速缺陷致病基因的發(fā)現(xiàn)和管理，...
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2-群體遺傳的基礎(chǔ)介紹1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）單倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 兩者的區(qū)別關(guān)鍵：...
