工具名稱簡介運(yùn)行命令BaitDesigner (Picard)設(shè)計(jì)雜交捕獲反應(yīng)設(shè)計(jì)雜交探針用的" java -jar picard.jar BaitDesigner \ ...
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GATK參考序列的操作（操作FASTA格式的序列）
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google cloud storage linux 命令行操作1、首先需要進(jìn)行g(shù)sutil的安裝 推薦使用Pypi進(jìn)行安裝，感謝偉大的pip pip install gsutil 2、找到對方分享鏈接中的gsutil 鏈接 3. 使用命...
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google cloud storage介紹google cloud platform 包括了四個(gè)部分，高性能虛擬機(jī)，云存儲(chǔ)，sql,以及app虛擬機(jī)。由于google的廣泛使用，廣大大數(shù)據(jù)工作者都開始將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)到clo...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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2018-08-18
使用GEOquery包 肖恩戴維斯 2014年9月21日 1GEO概述 1.1平臺(tái) 1.2樣品 1.3系列 1.4數(shù)據(jù)集 2使用GEOquery入門 3GEOquery數(shù)據(jù)結(jié)...
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SNP連鎖不平衡圖（LD）可視化R包LDheatmap的使用理解SNPs之間的聯(lián)系或連鎖不平衡（LD）模式對于單體型的選擇具有重要作用，然而，對于密集的SNP圖譜，隨著區(qū)域內(nèi)SNPs數(shù)量的增加，很難直接從復(fù)雜的VCF文件來看出SNPs...
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VIM 配置 .vimrc
從終端打開配置文件： vim ~/.vimrc 1 添加如下代碼： ·1. set tabstop=4 2. set softtabstop=4 3. set shiftwi...
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sed命令:刪除匹配行和替換
刪除以a開頭的行 [cpp]view plaincopysed-i'/^a.*/d'tmp.txt -i 表示操作在源文件上生效.否則操作內(nèi)存中數(shù)據(jù),并不寫入文件中. 在分號(hào)...
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pybedtools文檔-平行在外顯子和內(nèi)含子中計(jì)算reads數(shù)
本例子展示的是如何在內(nèi)含子和外顯子中統(tǒng)計(jì)reads數(shù)量。不但包括了這個(gè)內(nèi)容，還包括了其他的命名展示。例如 1、BAM file support (for more, seeW...
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pybedtools文檔--篩選
1、BedTool.filter(func,*args,**kwargs)[source] 根據(jù)用戶定義的功能進(jìn)行特征的篩選，使func對Bedtool目標(biāo)中的每一個(gè)特征進(jìn)行...
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pybedtools文檔--讀取和寫出
一、讀取 pybedtools主要是使用BedTool對所有參考格式進(jìn)行讀取, 不但能夠讀取bed，gff, gtf，還可以讀取gz等格式。 from pybedtools ...
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pybedtools文檔--概述
BedTools被廣泛應(yīng)用于基因組數(shù)據(jù)的區(qū)間操作。而pybedtools則擴(kuò)增bedtools的功能，并將其包裝成python可用的特征水平操作。 全部的在線文檔見：http...
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【bedtools教程】-annotate功能
annotate bedtoolsannotate, well, annotates one BED/VCF/GFF file with the coverage and n...
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如果你是程序員，或者有一顆喜歡寫程序的心，喜歡分享技術(shù)干貨、項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)、程序員日常囧事等等，歡迎投稿《程序員》專題。 專題主編：小彤花園 http://www.itdecent.cn/users/4a4eb4feee62/ 【程序員】專題拒稿指北：http://www.itdecent.cn/p/7c8b33b5f63b 投稿須知： 1.收錄相關(guān)技術(shù)文章，但不限于技術(shù)，也可以是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)類的文章和程序員日常。 2.文章內(nèi)不得有任何推廣信息。包括但不限于公眾號(hào)、微博、微信，更不得在通過投稿后再修改文章加入推廣信息。你可以將這些推廣以及個(gè)人信息放在個(gè)人主頁介紹里。 3.字?jǐn)?shù)極少，段落混亂，大段代碼沒有放到代碼框的文章不收錄 4.不相關(guān)的內(nèi)容不收錄，請確認(rèn)文章內(nèi)容和本專題相關(guān) 目前針對優(yōu)質(zhì)作者及愛好者，開設(shè)了官方程序員微信群，希望加入請發(fā)簡信給主編小彤花園索取個(gè)人微信，主編會(huì)將你加入到【程序員】微信群，分享內(nèi)容，收獲知識(shí)。添加微信時(shí)備注昵稱。
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