WGCNA分析過程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
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如何將WGCNA導出的基因共表達網(wǎng)絡進行可視化（cytoscape軟件的使用） -
使用clusterprofiler中的enrichr對非模式植物進行KEGG分析一、需要的數(shù)據(jù) （1）eggnog對基因的注釋(名字例如叫:egg.tsv) TSV格式 （2）ko00001.json文件 下載地址：https://www.genome....
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R基礎繪圖包之plot及參數(shù)這篇文章可以讓你學到什么？ 可以讓你把這樣的圖： 通過設置各種參數(shù)修改為這樣自定義的圖： 一、 本文使用的數(shù)據(jù) 我們使用R內(nèi)置的數(shù)據(jù)集Chickweight來進行畫圖的學習，...
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使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個性狀單獨一列 默...
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mac電腦chrome截長圖首先按下 ?Command + ?Option + I（Windows 為 F12）快捷鍵，召喚出調(diào)試界面。調(diào)試頁面 按下 ?Command + ?Shift + P（Win...
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ggplot2 - 柱狀圖簡介 柱狀圖一般用于，當我們都有一組分類變量以及每個類別的定量值，而我們關注的主要重點是定量值的大小時。 應該在柱狀圖背景保留橫網(wǎng)格線，便于比較我們關注的值。 當分類labe...
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WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2更新于2020.10.29 在進行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個環(huán)節(jié)的情況。 一般對于WGS結果的mapping，一般推薦...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應用統(tǒng)計學上的假設檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設：組間沒有差異，變量之...
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Fst的計算原理與實戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認為...
