WGCNA分析過(guò)程中，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個(gè)module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化（cytoscape軟件的使用） -
使用clusterprofiler中的enrichr對(duì)非模式植物進(jìn)行KEGG分析一、需要的數(shù)據(jù) （1）eggnog對(duì)基因的注釋(名字例如叫:egg.tsv) TSV格式 （2）ko00001.json文件 下載地址：https://www.genome....
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R基礎(chǔ)繪圖包之plot及參數(shù)這篇文章可以讓你學(xué)到什么？ 可以讓你把這樣的圖： 通過(guò)設(shè)置各種參數(shù)修改為這樣自定義的圖： 一、 本文使用的數(shù)據(jù) 我們使用R內(nèi)置的數(shù)據(jù)集Chickweight來(lái)進(jìn)行畫圖的學(xué)習(xí)，...
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使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個(gè)性狀單獨(dú)一列 默...
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mac電腦chrome截長(zhǎng)圖首先按下 ?Command + ?Option + I（Windows 為 F12）快捷鍵，召喚出調(diào)試界面。調(diào)試頁(yè)面 按下 ?Command + ?Shift + P（Win...
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ggplot2 - 柱狀圖簡(jiǎn)介 柱狀圖一般用于，當(dāng)我們都有一組分類變量以及每個(gè)類別的定量值，而我們關(guān)注的主要重點(diǎn)是定量值的大小時(shí)。 應(yīng)該在柱狀圖背景保留橫網(wǎng)格線，便于比較我們關(guān)注的值。 當(dāng)分類labe...
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WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2更新于2020.10.29 在進(jìn)行正式的mapping記錄之前，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個(gè)環(huán)節(jié)的情況。 一般對(duì)于WGS結(jié)果的mapping，一般推薦...
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組間差異檢驗(yàn)，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒(méi)有差異，變量之...
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Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為...
