一、巨噬細胞 1. Cre工具鼠 Cre工具鼠是通過在小鼠marker基因位點敲入Cre/CreERT2或者Dre/DreERT2元件構(gòu)建而成。Cre工具鼠跟特定的flox小...
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答讀者問(8)：如何批量查詢marker基因(對應(yīng)的蛋白)會不會在膜上表達？做實驗的朋友們對這個問題應(yīng)該是很感興趣的，因為涉及到后續(xù)能不能實驗驗證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻，查網(wǎng)站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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聽說你想要TCGA的新版miRNA表達數(shù)據(jù)
TCGA的下載方式更新了，miRNA也跟著動一下。 1.查看TCGA的33個癌種 2.下載數(shù)據(jù) 使用的是TCGAbiolinks里面的函數(shù)，受網(wǎng)絡(luò)限制，有可能下載不成功。 3...
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Tangram 空間轉(zhuǎn)錄組教程（二）前文提到Tangram在基于mapping的步驟，有兩種方式: mode = "cluster"：速度快，占用內(nèi)存少，適用于空轉(zhuǎn)和單細胞數(shù)據(jù)來自不同樣本情況下。 mode =...
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Tangram 空間轉(zhuǎn)錄組教程（一）什么是tangram？ tangram是一種映射單細胞表達譜數(shù)據(jù)到空間表達譜的方法，它收集同一解剖區(qū)域或者組織類型的單細胞數(shù)據(jù)和空間數(shù)據(jù)。通過整合，該方法在scRNAseq表...
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膠質(zhì)母細胞瘤免疫亞型分析+免疫組化發(fā)8+分SCI今天給大家介紹一篇2022年1月發(fā)表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章。本研究作者對單細胞轉(zhuǎn)錄組和bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進行分析，鑒定到了一個新的G...
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TCGA的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性數(shù)據(jù)獲取和可視化1.背景知識 在一篇文章里看到了微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（Microsatellite Instability，MSI）與riskscore的關(guān)系圖，就去查了一下，很好的背景知識資料：...
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空間轉(zhuǎn)錄組之空間基因和細胞軌跡作者，追風(fēng)少年i~ hello，又是一周，新的開始，今天的內(nèi)容簡單，邏輯圖如下 大家可以看的出來，空間轉(zhuǎn)錄組運用的是BGI平臺，Stereo-seq，研究的重點就是空間區(qū)域的...
