前言 青藏高原是世界上海拔最高、面積最大的高原，平均海拔4500米。由于低氧、低溫和強紫外線等惡劣的環(huán)境條件，生活在高海拔環(huán)境中的物種面臨著巨大的選擇壓力。 這種嚴(yán)酷的高海拔...
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文獻閱讀 | 3種高海拔山雀及其低海拔近親的比較轉(zhuǎn)錄組研究 -
基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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轉(zhuǎn)錄組入門（3）：了解fastq測序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)量！作業(yè)，理解測序reads，GC含量，質(zhì)量值，...
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基因家族鑒定 hmmer+blast (含hmmer安裝)策略 hmmsearch + blast 單獨使用或者組合使用 hmmsearch可以做兩次，第一次使用pfam中的多序列比對結(jié)果構(gòu)建模型進行搜索，篩選過結(jié)構(gòu)域后，使用本物種...
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基因家族分析保姆級教程（分子進化）-生信小白自學(xué)之路（一）一、基因家族基礎(chǔ)知識與研究思路介紹 1.基因家族簡介 基因是染色體上一段可以發(fā)生轉(zhuǎn)錄的區(qū)域（內(nèi)含子外顯子啟動子）。轉(zhuǎn)錄本才是基因的研究實體，轉(zhuǎn)錄本transcript（別名 ...
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【課程筆記】學(xué)CJ在騰訊課堂上的基因家族分析1明晰概念 基因是染色體上一段可以發(fā)生轉(zhuǎn)錄的區(qū)域 基因≠CDS 基因應(yīng)該包括：CDS 內(nèi)含子 UTR 啟動子 可轉(zhuǎn)錄的區(qū)域是多變的 我們做分析的時候常用的是蛋白序列，而蛋白序列...
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基因家族專題(3)：基因家族成員的鑒定
Data preparation 繼續(xù)上次的內(nèi)容，下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開始鑒定了。首先回顧一下，下載好的數(shù)據(jù)。 基因組序列信息，存儲基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
