從研一來(lái)到組里，一直聽(tīng)到 GO 富集分析幾個(gè)字。直到現(xiàn)在，研二基本結(jié)束了，我都沒(méi)做過(guò)，也不會(huì)做。有一個(gè)大概的認(rèn)識(shí)，就是，自己的基因集中某種功能基因的占比要高于這種功能的基因在...
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分析 | GO 富集分析
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RDA分析原理1. RDA的基本方法描述 冗余分析（RDA）和基于轉(zhuǎn)化的冗余分析（tb-RDA） Rao（1964）首次提出冗余分析（Redundancy analysis，RDA），從概...
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2021-10-23基因組學(xué)與植物育種實(shí)際上，最近幾年我已經(jīng)參與了若干物種的基因組學(xué)項(xiàng)目。我一直在思考：除了提供一批數(shù)據(jù)之外，我們的研究還能對(duì)實(shí)際生產(chǎn)產(chǎn)生怎樣的推動(dòng)作用？基因組組裝和基因注釋在整個(gè)育種研究中處于什...
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2021-11-12R包安裝報(bào)錯(cuò)怎么解決實(shí)話說(shuō)，這是一個(gè)非常龐大的問(wèn)題，因?yàn)檫@個(gè)牽扯到服務(wù)器硬件，系統(tǒng)等軟件因素，還有一些網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題導(dǎo)致的玄學(xué)問(wèn)題，復(fù)雜性導(dǎo)致它很有挑戰(zhàn)。但是，我們不能因?yàn)橛刑魬?zhàn)性就放棄了，畢竟總會(huì)不...
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2021-09-21基因的“命運(yùn)”隨著技術(shù)的發(fā)展，動(dòng)植物的全基因組測(cè)序到現(xiàn)在已經(jīng)超過(guò)了2000個(gè)，而且這個(gè)驚人的數(shù)字是在最近三年內(nèi)得到爆發(fā)的。這樣體量的數(shù)據(jù)涌現(xiàn)，為分子生物學(xué)的發(fā)展提供了巨大的助力。最近三天身...
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2021-10-18不重裝升級(jí)windows下的R
1.更新R 打開(kāi)現(xiàn)有版本的R， 這時(shí)會(huì)提醒很多，要不要安裝最新版，安裝路徑，裝完了要不要把舊的R包拷貝過(guò)來(lái)等等，一路yes此時(shí)就安裝成功了，關(guān)閉兩個(gè)版本的R 2.Rstudi...
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2021-01-05ComplexHeatmap熱圖R包參數(shù)解讀
之前畫(huà)熱圖一直在用pheatmap,簡(jiǎn)單美觀，但是后面有了些特殊需求之后,人就不知足了，所以轉(zhuǎn)到了功能更全面但是相對(duì)更難入手的 ComplexHeatmap[http://w...
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2020-11-22R腳本模板
此模板以shell語(yǔ)言下經(jīng)常用到的長(zhǎng)數(shù)據(jù)變寬數(shù)據(jù)為例輸入數(shù)據(jù) aaa，第一列必須為計(jì)數(shù)，二三列不特殊要求，不含列命 run: 得到兩個(gè)文件,以bbb為前綴
