軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操 -
Vecyloto.R的安裝（碰壁無數(shù)次，終于成功）
（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允許轉(zhuǎn)載的請私信告知我，我會立即刪除，謝謝）velocyto用于單細胞數(shù)據(jù)的分析（RNA速率分析）的工具。除了常用的擬時序軌跡分析，R...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進行可視化，...
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基于剪切速率的擬時序分析單細胞轉(zhuǎn)錄組測序 (scRNA-seq)中擬時序分析是很常見的，是用來推斷不同的細胞類型間的發(fā)育關(guān)系，有一類通過RNA速率來推斷軌跡的方法，在此介紹一下。 RNA veloc...
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SCTransform：單細胞樣本的標準化Seurat從3.0版本引進了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標準化，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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環(huán)境配置筆記12-解決SeuratData包InstallData()無法安裝數(shù)據(jù)集
近期Seurat官網(wǎng)國內(nèi)上不去，因此在服務(wù)器上也無法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù)，有以下報錯： 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集，...
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概覽劉小澤寫于19.5.7主要看流程，這一篇不涉及真實數(shù)據(jù)展示 總的來說，Cell Ranger主要的流程有：拆分數(shù)據(jù) mkfastq、細胞定量 count、定量組合 aggr、...
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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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ggplot2編寫函數(shù)來繪圖本節(jié)來介紹如何編寫函數(shù)來進行數(shù)據(jù)可視化，平時畫圖時我們經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)需要編寫許多重復(fù)的代碼來進行繪圖，這樣不僅使代碼冗余也大大降低了代碼的可閱讀性，因此掌握如何編寫函數(shù)來簡化代碼...
