GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對于其他軟件，例如bcftools,...
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率 -
差異剪接分析軟件rMATS結(jié)果文件解讀(v4.1.2)第一次做差異剪接分析，rMATS做完后一頭霧水，查閱資料整理了一下結(jié)果文件。 我使用的版本是v4.1.2，用conda安裝的，軟件的安裝和使用就不細(xì)說了，網(wǎng)上已經(jīng)有很多帖子，...
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生成geno2go那一步有點慢，用這個來生成geno2go的表會快很多
gos_list <- function(x){
the_gos <- str_split(x[2], ",", simplify = FALSE)[[1]]
df_temp <- data.frame(GID = rep(x[1], length(the_gos)),
GO = the_gos,
EVIDENCE = rep("IEA", length(the_gos)))
return(df_temp)
}
gene2gol <- apply(as.matrix(gos),1,gos_list)
gene2gol_df <- do.call(rbind.data.frame, gene2gol) -
生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新，文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上，在網(wǎng)上搜了一圈，關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的，這周就借此機會和大家一起來學(xué)...
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你好，想問下你的問題解決了嗎，我做vcftools和plink都出現(xiàn)了跟你差不多的問題，但兩個出現(xiàn)的問題又不完全一樣，首先生成的ped文件應(yīng)該都沒問題，但vcftools生成的map文件第一列為0，也是跟你一樣的錯誤沒法識別染色體，但第二列顯示正常的snp位置，而plink生成的map文件則是第一列正常，第2列為0。這樣生成的文件沒法用eigensoft進行pca分析，而用plink卻可以獨立完成pca分析，不知這個問題是否跟你一樣？
2021-03-17 在linux上將vcf文件轉(zhuǎn)plink的格式bed,bim,fam
我現(xiàn)在的問題是這樣的vcf文件轉(zhuǎn)plink的格式方法一vcftools 出錯這樣 方法二plink 都是一樣的結(jié)果 就無語之前我的文件有這些 現(xiàn)在是這些 然后看到了這些 然后...
