跑完了，記錄一下，順便寫寫我在使用中遇到的問題，歡迎討論～聲明：我是用自己數(shù)據(jù)跑的，因?yàn)檫€未發(fā)表所以就還是借用官網(wǎng)的圖啦～ 1.準(zhǔn)備 2.加載數(shù)據(jù)集 3.基因間距離計(jì)算a.選...
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單細(xì)胞｜GeneTrajectory·基因軌跡 -
單細(xì)胞｜RNA速率下游 · Dynamo數(shù)據(jù)集：cellDancer文件 PancreaticEndocrinogenesis_cellDancer_estimation.csv[https://drive.goo...
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單細(xì)胞 | RNA速率 · cellDancer1.安裝 2.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)，跟scVelo處理數(shù)據(jù)步驟相同，詳見：單細(xì)胞 | RNA速率 · scVelo - 簡書 (jianshu.com)[https://www.jian...
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單細(xì)胞 | RNA速率 · scVelo1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)：從seurat對象中提取metadata（R中運(yùn)行） 下面都在python中運(yùn)行，根據(jù)一致的barcode，整合loom文件和metadata： 2.運(yùn)行RNA...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二）接上一篇，pySCENIC分析完之后就可以進(jìn)行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%A7%86%E5%8C%96&...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一種能夠從單細(xì)胞 RNA-seq 數(shù)據(jù)（S...
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單細(xì)胞RNA速率提出研究背景：測序數(shù)據(jù)中存在未剪接mRNA 基于SMART-seq2、inDrop 和 10x Genomics Chromium的測序方案，發(fā)現(xiàn) 15-25% 的Reads包含...
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單細(xì)胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（DNN）框架 已知：mRNA的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率（α）、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定，未剪接和剪接mRNA之間的平衡...
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CytoTRACE | 推斷擬時(shí)序起點(diǎn)R包下載網(wǎng)站：https://cytotrace.stanford.edu/CytoTRACE_0.3.3.tar.gz[https://cytotrace.stanford...
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單細(xì)胞 | Milo · 細(xì)胞分布差異數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 構(gòu)建領(lǐng)域，對領(lǐng)域中的細(xì)胞計(jì)數(shù)d：用于KNN細(xì)化的降維數(shù)，類似于聚類降維時(shí)選擇的dims。k：分布峰值在 50 到 100 之間，平均鄰域大小超過 5 x N_sam...
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tradeSeq | Slingshot下游 沿軌跡分析pathway表達(dá)
之前分享了用tradeSeq分析沿軌跡變化的基因，可以找到譜系內(nèi)和譜系間都顯著表達(dá)的基因，找到這些基因之后，按照常規(guī)思路，需要看看這些基因分別是什么，有什么功能，富集到了哪些...
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tradeSeq | Slingshot下游 沿軌跡分析基因表達(dá)tradeSeq是一個(gè)可以沿著軌跡分析基因表達(dá)的R包，也可以用來分析特定pathway沿軌跡的表達(dá)，具體方法見后續(xù)分享。1.準(zhǔn)備文件 2.擬合負(fù)二項(xiàng)式模型確定nknots，這...
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Slingshot | 查看單個(gè)軌跡之前的文章寫了Slingshot的簡單用法，可以從整體看單細(xì)胞軌跡，但是不太容易看單個(gè)軌跡到底是哪些細(xì)胞群，實(shí)現(xiàn)方法：1.運(yùn)行Slingshot 首先還是先運(yùn)行slingsh...
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Milo | 細(xì)胞分布差異Milo是一個(gè)檢測細(xì)胞分布在不同實(shí)驗(yàn)條件下差異的算法（ ）。 主要原理：先根據(jù)KNN方法進(jìn)行細(xì)胞抽樣，對抽樣后的細(xì)胞用KNN找它的鄰近細(xì)胞，圖c里面每個(gè)圈代表一個(gè)抽樣的細(xì)胞，...
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單細(xì)胞 | Pseudobulk RNA-seq閱讀Integrated multi-omic characterization of congenital heart disease這篇文章的時(shí)候發(fā)現(xiàn)一張圖（圖2d、2e...
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單細(xì)胞 | Seurat文件生成最近想使用文獻(xiàn)中的數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)每篇文獻(xiàn)提供的數(shù)據(jù)格式都不太一樣，創(chuàng)建seurat對象會(huì)遇到一些問題。以標(biāo)準(zhǔn)的輸入文件為例，命名為barcodes.tsv.gz、feature...
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GSEA | 基因富集分析軟件下載網(wǎng)址： 不需要設(shè)置閾值過濾基因，有助于我們從整體通路分析差異。 一. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.數(shù)據(jù)集（tpm_bulk.gct）：你需要分析的表達(dá)矩陣，建議bulk數(shù)據(jù)用tpm...
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CIBERSORT | 免疫浸潤分析R包安裝 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備需要兩個(gè)數(shù)據(jù)：LM22和你需要分析的表達(dá)矩陣，我的是bulkRNA的表達(dá)矩陣，tpm標(biāo)準(zhǔn)化后的。 運(yùn)行 可視化 參考：
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Seurat 4.3.0 | 數(shù)據(jù)集坐標(biāo)映射一、數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備 參考數(shù)據(jù)集（reference ） 查詢數(shù)據(jù)集（query ） 參考數(shù)據(jù)集和查詢數(shù)據(jù)集整合之后的數(shù)據(jù)集（anchors） 建議數(shù)據(jù)集在使用前進(jìn)行Normali...
