R內(nèi)置基本配色 R自帶的grDevices包含有以下調(diào)色板: R中色彩相關(guān)的函數(shù) 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函數(shù)可以擴(kuò)展顏色...
在群體遺傳學(xué)分析中,我們經(jīng)常會碰到關(guān)于連鎖不平衡的問題,當(dāng)然計(jì)算連鎖不平衡的軟件有很多,包括plink2、haploview等,今天在這里給大家分享一個計(jì)算連鎖不平衡的軟件-...
本文參考多篇簡書教程(請查看本文最后的參考資料) 安裝 可查看10xgenomics官網(wǎng)安裝教程 下載參考基因組數(shù)據(jù) 可直接下載10xgenomics官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引...
近期Seurat官網(wǎng)國內(nèi)上不去,因此在服務(wù)器上也無法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù),有以下報(bào)錯: 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集,...
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能樹TCGA課程中講到的需要使用的一個R包,所以我裝了一個,發(fā)現(xiàn)這個包十分不好安裝,現(xiàn)記錄過程如下,方便后續(xù)使用...
satijalabsctransform包的github網(wǎng)址:https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟,單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析往往不再是單個組織樣本,這有時(shí)候在計(jì)算(資源與時(shí)間)上是一個挑戰(zhàn)。為此,Seurat也提供了可以探索的并行策略。鑒于入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的同...
參考:生信會客廳 harmony原理 Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值(embedding),一般使用PCA的降維結(jié)果。Harmony導(dǎo)入PCA的降維數(shù)據(jù)后,會采用so...