在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一件事情。下面和大家一起學(xué)習(xí)一下...
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LD衰減圖的理解與應(yīng)用
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如何判斷二代測(cè)序的來(lái)源平臺(tái)
上傳數(shù)據(jù)時(shí)發(fā)現(xiàn)一個(gè)有趣的問(wèn)題，自己不知道數(shù)據(jù)來(lái)自于哪個(gè)illumina的哪個(gè)測(cè)序平臺(tái)，所以整理下如何根據(jù)FASTQ的標(biāo)識(shí)行分析測(cè)序數(shù)據(jù)的來(lái)源 FASTQ格式文件中每個(gè)read...
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使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝工具，包括三個(gè)模塊， Inch...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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鏈特異性建庫(kù)如何區(qū)分正負(fù)鏈？寫在前面的廢話 經(jīng)過(guò)這兩周意外的斷更，我明白了一個(gè)道理，人都是具有慣性的…… 兩周沒(méi)寫公眾號(hào)，我似乎都習(xí)慣了懶惰，文章不想更了，筆記也懶得記了。 但是我沒(méi)忍住雙十一的誘惑，一...
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如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動(dòng)子序列_基于R_補(bǔ)充部分（getSeq或BSgenome）
在上一篇中，本來(lái)說(shuō)好的是“如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動(dòng)子序列_基于R”，結(jié)果卻只說(shuō)了提取擬南芥的情況。 這里我再補(bǔ)充下針對(duì)非模式物種。這里有兩個(gè)策略，一個(gè)是構(gòu)建對(duì)...
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BSgenome構(gòu)建新的參考基因組
目標(biāo) BSgeome自己有很多構(gòu)建好的基因組，但是對(duì)于非模物種來(lái)說(shuō)，有時(shí)候我們需要自己構(gòu)建基因組的信息。如何根據(jù)物種的參考基因組fa文件，構(gòu)建新的BSgeome的R包，供后續(xù)...
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【基因組學(xué)】使用StringTie+gffread鑒定基因的新轉(zhuǎn)錄本寫在前面 ????轉(zhuǎn)錄組通常被用來(lái)尋找差異基因，但是有的時(shí)候我們想看一下已報(bào)道的基因是否存在可變剪切現(xiàn)象，即新轉(zhuǎn)錄本的挖掘，這個(gè)時(shí)候就需要利用StringTie+gffrea...
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轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對(duì)及可變剪切
轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對(duì)及可變剪切 STAR比對(duì)的特點(diǎn)： 速度快 準(zhǔn)確度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多個(gè)比對(duì)共享...
