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全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算 -
如何快速將參考基因組拆分為各條染色體序列？
需求 客戶反映，完整的基因組太大打不開，要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實(shí)現(xiàn)？ 方法一 借助工具： 方法二 自己寫腳本：split.pl 運(yùn)行：perl ...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息，那個(gè)時(shí)候，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記。 我有一個(gè)自己的博客，xu...
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「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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基因組重復(fù)序列檢測(cè)：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測(cè)的常用工具，通過與參考數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性比對(duì)來(lái)準(zhǔn)確識(shí)別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測(cè)注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖，就不可避免遇到一個(gè)問題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
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conda安裝軟件與環(huán)境管理利用bioconda 安裝生物信息軟件 通過conda安裝軟件，首先從官網(wǎng)[https://github.com/bioconda/bioconda.github.io/tr...
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基因家族分析（1）數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及軟件安裝基因組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 進(jìn)行全基因水平的基因家族鑒定之前，需要準(zhǔn)備好一套基因組數(shù)據(jù)，基因組數(shù)據(jù)可以從公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載，也可以根據(jù)基因組文獻(xiàn)提供的地址到指定網(wǎng)站進(jìn)行下載。一套完整的數(shù)據(jù)...
