測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換） -
R進(jìn)行兩因素重復(fù)測量方差分析并可視化（雙組折線圖）在仙桃學(xué)術(shù)上的生信工具里面，有一個(gè)折線圖的繪圖工具，可以很快速便捷的得出結(jié)論并可視化結(jié)果，當(dāng)然不是說這個(gè)功能有多強(qiáng)大，而是統(tǒng)計(jì)學(xué)方法非常專業(yè)。比如用它自帶的數(shù)據(jù)https:/...
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多樣本分析流程1看了很多教程，下面這兩個(gè)個(gè)復(fù)現(xiàn)出來了。 1、Seurat包合并多個(gè)單細(xì)胞樣本[http://www.itdecent.cn/p/93a1283af04a] 示例數(shù)據(jù)：GSE...
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Harmony整合單細(xì)胞數(shù)
Seurat結(jié)合Harmony的整合流程 參考：單細(xì)胞測序分析: Seurat V3聯(lián)合harmony進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析[http://www.itdecent.cn/...
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生物信息為什么要學(xué)Linux
1. 計(jì)算需要 生物信息學(xué)是一門大數(shù)據(jù)專業(yè)，對(duì)計(jì)算資源有很高的要求，我們的筆記本電腦往往無法滿足分析需求。如基因組組裝，需要1T內(nèi)存，20T存儲(chǔ)；常用的基因組比對(duì)也往往需要十...
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單細(xì)胞分析1（一文讀懂單細(xì)胞測序分析流程）基礎(chǔ)流程（cellranger）(細(xì)胞管理員) cellranger 數(shù)據(jù)拆分 cellranger mkfastq可用于將單細(xì)胞測序獲得的 BCL 文件拆分為可以識(shí)別的 f...
