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基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類blast軟件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比較 ②blast、mmseqs、diamond、hmme...
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機器學習-有監(jiān)督學習-分類算法-K最近鄰法(KNN)-原理、Python和R應用基本原理 首先放一張各大網(wǎng)站用爛的圖 KNN的基本思想是比較簡單的，就是假設我們有紅色和藍色得到數(shù)據(jù)點，然后我們新加入一個綠色點，根據(jù)綠色點最近...
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機器學習-無監(jiān)督學習-主成分分析(PCA)-數(shù)學原理、應用以及Python和R實現(xiàn)數(shù)學原理簡要說明 基本原理 PCA所做的事情實際上是將多維的數(shù)據(jù)降維到一個更低的維度，但同時保證數(shù)據(jù)之間盡可能的分開，而衡量這個分散程度的標準就...
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根據(jù)Knumbers注釋爬取KEGG對應KO號和pathway name
背景 手頭有KEGG對應各個基因的注釋文件（注釋可以參考KAAS注釋流程)，但沒有對應的KO號，需要得到相應的KO號做富集分析 Python s...
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Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 筆記Introduction 此課程是Coursera上，John Hopkins University 的 Genomic Data Scienc...
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Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 筆記Introduction Galaxy是一個公開的基因組學分析平臺，包含了一系列流程化分析工具，針對質(zhì)控、組裝、注釋以及包括Chip-seq、R...
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Genomic Data Science- JHU Course 1 Introduction to Genomic Technologies 筆記課程頁面 右上角是我google賬戶名稱 地址： 這個第一個課，Data Science那邊可以著重了解下，其他沒什么太大的重要性。 順便說下，...
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Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北
近幾年來，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關注。首先相比paml，hyphy有以下...
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寫個zsh腳本(主要是awk)合并gff，去除gff中的重疊區(qū)域
問題背景 大致是這樣，假如你用一堆注釋軟件然后用不同物種得到了一堆不同的gff，那這些gff肯定是有重疊的，對于注釋信息gff來說只需要保留ge...