比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析 -
提取最長蛋白序列（轉(zhuǎn)錄本一樣適用）
對于蛋白的fa文件，由于是每個(gè)轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)一個(gè)蛋白序列。由于后期注釋需要以基因?yàn)閱挝?，因此需要對fa文件進(jìn)行處理，計(jì)算每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本的蛋白序列長度，然后提取最長的蛋白序列，該序列...
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【JCVI】安裝與使用LAST依賴庫安裝 方法1：手動(dòng)下載-自行編譯 方法2：conda安裝 Python版 MCScan安裝 初次調(diào)用jcvi需要輸入JGI的賬號和密碼： 軟件使用 1、從Phy...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤唵蔚馗嬖V大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來說，相信依然可以有...
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Augustus安裝教程
Augustus是一個(gè)使用頻率很高的程序，但是安裝卻麻煩的一批，而且說明書對新手也很不友好； 網(wǎng)上倒是有很多安裝的解答，可能是每個(gè)機(jī)子的情況不太一樣，沒有一個(gè)講的比較全面的，...
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GENEWISE 的使用
今天要用到genewise 軟件分析數(shù)據(jù)，記錄一下過程！ 1. GeneWise 簡介 Genewise主要用于將蛋白質(zhì)序列和DNA序列進(jìn)行比對，從而對DNA序列上的編碼區(qū)進(jìn)...
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RepeatModeler安裝及使用
如果對重復(fù)序列的預(yù)測，則使用RepeatModeler，可自身比對進(jìn)行查找 安裝 下載地址：http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler...
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RepeatModeler安裝及使用
細(xì)節(jié)參閱RepeatModele官方文檔：http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatMasker和RepeatModel...
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使用conda安裝RepeatMasker之前使用conda安裝RepeatMasker，需要注意以下問題，現(xiàn)在整理一下： 首先使用conda安裝軟件， 我的conda是裝在annotation里的，所以安裝好的Re...
