作者,Evil Genius 本周開始,我們要開始上空間轉(zhuǎn)錄組的系列課程了。 空轉(zhuǎn)可以在單細胞、多細胞或亞細胞分辨率上進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時保留復(fù)雜組織中細胞的幾何定位信息。 ...
作者,Evil Genius 本周開始,我們要開始上空間轉(zhuǎn)錄組的系列課程了。 空轉(zhuǎn)可以在單細胞、多細胞或亞細胞分辨率上進行轉(zhuǎn)錄組分析,同時保留復(fù)雜組織中細胞的幾何定位信息。 ...
作者,Evil Genius 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析已經(jīng)是非常常見了,昨天分享的是python版本,隨著數(shù)據(jù)量不斷地增大,R版本的計算效率明顯下降,但是作為一種更加具有接受...
1 軟件安裝 http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035[http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035]li...
1.載入所需要的包和數(shù)據(jù)集(GSE174430) 2.每個細胞的線粒體UMI比率 3.每個細胞的Feature數(shù) 4.每個細胞的UMI總數(shù)
適用背景 當我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上,或者找不到基因,這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt,另外還查到NCB...
相似關(guān)鍵詞 單細胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來,單細胞轉(zhuǎn)錄組測序異?;鸨c其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測序很有可能成為...
適用背景 雖然單細胞絕大多數(shù)時候都關(guān)注差異表達基因(DEG),但在分析中途會發(fā)現(xiàn)有些奇奇怪怪的基因會在所有細胞中都高表達,所以這篇文章才寫了下面這個函數(shù)ave_top,用于選...
作者,Evil Genius 今天我們復(fù)習(xí),文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity ...