作者，Evil Genius 本周開始，我們要開始上空間轉(zhuǎn)錄組的系列課程了。 空轉(zhuǎn)可以在單細胞、多細胞或亞細胞分辨率上進行轉(zhuǎn)錄組分析，同時保留復(fù)雜組織中細胞的幾何定位信息。 ...
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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)解析方法系統(tǒng)總結(jié) -
課前準備----空間轉(zhuǎn)錄組R版本的harmony整合（封裝版）
作者，Evil Genius 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析已經(jīng)是非常常見了，昨天分享的是python版本，隨著數(shù)據(jù)量不斷地增大，R版本的計算效率明顯下降，但是作為一種更加具有接受...
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雞（Gallus_gallus）轉(zhuǎn)錄組實戰(zhàn)
1 軟件安裝 http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035[http://www.itdecent.cn/p/eb89ab4af035]li...
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如何在t-SNE或UMAP圖上展示每個細胞線粒體的UMI比率/Features/nCount數(shù)1.載入所需要的包和數(shù)據(jù)集（GSE174430） 2.每個細胞的線粒體UMI比率 3.每個細胞的Feature數(shù) 4.每個細胞的UMI總數(shù)
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當我們進行跨物種比較分析時會發(fā)現(xiàn)基因名對不上，或者找不到基因，這時候就需要進行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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空間組數(shù)據(jù)和單細胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序異?；鸨c其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測序很有可能成為...
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Seurat查看不同亞群的高表達基因排行（AverageExpression）2022-06-01
適用背景 雖然單細胞絕大多數(shù)時候都關(guān)注差異表達基因（DEG），但在分析中途會發(fā)現(xiàn)有些奇奇怪怪的基因會在所有細胞中都高表達，所以這篇文章才寫了下面這個函數(shù)ave_top，用于選...
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空間通過細胞空間排布分析銀屑病的嚴重程度作者，Evil Genius 今天我們復(fù)習(xí)，文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity ...
