多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍化現(xiàn)象存在于大部分的物種中, 是物種進(jìn)化的重要?jiǎng)恿?。如果一個(gè)物種在演化過(guò)程中發(fā)生過(guò)多倍化，那么在基因組上就會(huì)存在一些共線性區(qū)域（即兩個(gè)區(qū)域之間的...
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如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上) -
如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(中)
Ks可視化 我們?cè)谏弦黄绾斡肳GDI進(jìn)行共線性分析(一)[http://xuzhougeng.top/archives/comparative-genome-analysi...
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如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(下)
在上一篇教程的最后，我寫道「我們能夠更加直觀的觀察到2個(gè)peak，基本確定2個(gè)多倍化事件」。這里就引出了一個(gè)問(wèn)題，為什么我們可以根據(jù)peak來(lái)推斷多倍化時(shí)間？在Lynch和C...
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所傳遞的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖，它們可以把跟研究的性狀（比如，基因型和身高）顯著相關(guān)的基因位點(diǎn)清晰地展現(xiàn)出來(lái)，不少讀者朋友應(yīng)該...
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sam轉(zhuǎn)bam文件報(bào)錯(cuò)
在做BWA比對(duì)到參考基因組后，得到sam文件，在進(jìn)行sam轉(zhuǎn)bam時(shí)候遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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轉(zhuǎn)錄組從下機(jī)數(shù)據(jù)到GO、kegg、GSEA
所有的命令粘貼于此，用于快速完成分析任務(wù)。具體軟件參數(shù)，見(jiàn) 轉(zhuǎn)錄組全新學(xué)習(xí)之總篇 clusterProfiler小試牛刀
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跨物種比較（同源基因）
Homolog genes 同源基因是來(lái)自一個(gè)共同個(gè)祖先DNA序列的genes。不同物種中的同源基因指的是直系同源基因（rotholog genes，例如從一個(gè)共同祖先基因因...
