發(fā)簡信
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使用fastuniq去除fastq中的PCR重復(fù)二代測序的去重是非常重要的一步，常規(guī)的方法都是在比對到基因組之后利用基因組位置的信息來去重，這樣效率比較高，但有些時候我們要在拿到測序的fast...
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samtools部分功能推薦
-cInstead of printing the alignments, only count them and print the tota...
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在linux（ubuntu）中使用網(wǎng)頁版的rstudioRStudio是R語言集成開發(fā)環(huán)境的應(yīng)用軟件，RStudio Server是一個基于web訪問的RStudio云端開發(fā)環(huán)境，需要安裝在服務(wù)器上，...
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MACS2為ATAC-seq callpeak
ATAC-seq作為檢測基因組開放位置的重要手段，被越來越多的使用。而其call peak的方法也有很多，這里我們介紹的是MACS。MACS最初...
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用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息，例如測序覆蓋度等以ChIPseq為例我們想要看某一個轉(zhuǎn)錄因子在所有TSS附近的信號的平均，看在一個TSS附近直接用igv打開就行，但當我們看所有TSS或者給定一...
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有用的UCSC tools推薦
先上網(wǎng)站鏈接，這些都不需要安裝，直接下載下來就可以用，比較便捷http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/...
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linux為不能上網(wǎng)的服務(wù)器設(shè)置代理，pip，wget，conda...
實驗室服務(wù)器由于網(wǎng)絡(luò)問題需要設(shè)置代理 export之后經(jīng)常沒用，不知道為什么，所以可以為每個命令設(shè)置代理 wget pip --user可以只為...
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macs2在python3下由于numpy不兼容導(dǎo)致無法使用
MACS2不知道為什么在python3里面安裝了之后不能用，好像是numpy版本的問題，經(jīng)檢驗python2.7依然可用。