背景知識(shí) 創(chuàng)建樣本權(quán)重是為了考慮復(fù)雜的調(diào)查設(shè)計(jì)（包括過度抽樣）、調(diào)查無(wú)響應(yīng)和后分層（以確保計(jì)算出的估計(jì)值代表美國(guó)平民非機(jī)構(gòu)化人口NHANES復(fù)雜抽樣導(dǎo)致需要）計(jì)算權(quán)重The ...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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2022-11-05 權(quán)重 -
2022-10-10 Bert模型關(guān)注點(diǎn)1：Transformer 1. embedding層：把離散字符轉(zhuǎn)化為數(shù)字 ：用于區(qū)分 ，1個(gè)文本字符對(duì)應(yīng)768維的向量，1個(gè)token embeddings輸出N（...
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2022-10-08 NHANES數(shù)據(jù)庫(kù)基本情況網(wǎng)址：NHANES Questionnaires, Datasets, and Related Documentation (cdc.gov)[https://wwwn.cd...
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R稀疏矩陣轉(zhuǎn)化稠密矩陣|使用as.matrix()報(bào)錯(cuò)：Cholmod error 'problem too large'
在進(jìn)行一些數(shù)據(jù)分析是經(jīng)常會(huì)需要將一個(gè)數(shù)據(jù)對(duì)象轉(zhuǎn)化為矩陣，以及稀疏矩陣（sparse matrix）和稠密矩陣之間的互化。 問題&報(bào)錯(cuò) 在R環(huán)境中，用的非常普遍的函數(shù)就是as....
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腦轉(zhuǎn)移癌相關(guān)髓系細(xì)胞大腦很久以來(lái)都被認(rèn)為是一個(gè)免疫豁免器官，其含有的免疫細(xì)胞含量較少，但在一些病例情況下，例如腫瘤，就會(huì)導(dǎo)致免疫細(xì)胞的異常浸潤(rùn)，其中從血液中遷徙過來(lái)的巨噬細(xì)胞和位于大腦原位的小膠...
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腦部腫瘤的免疫微環(huán)境圖譜2020年，來(lái)自瑞士洛桑大學(xué)的Johanna A Joyce團(tuán)隊(duì)通過全面對(duì)比不同類型腫瘤的免疫微環(huán)境，展現(xiàn)了不同類型腦腫瘤的免疫浸潤(rùn)特點(diǎn)，回答了幾個(gè)關(guān)于中樞神經(jīng)系統(tǒng)免疫微環(huán)境...
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GATK下游VCF maf可視化
VCF可以通過不同的上游分析獲得，在格式上又有一些不同，盲目轉(zhuǎn)化會(huì)帶來(lái)很多問題。查看VCF文件內(nèi)容可知是通過GATK上游處理得到的。 為了對(duì)變異結(jié)果進(jìn)一步進(jìn)行可視化分析，查找...
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GATK后maftools可視化
#####刪除文件的前N行#### tail -n +N Het-158-rawGATK-indel-filter.vcf| head #####合并所有VCF文件####（...
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RNA seq上游分析（簡(jiǎn)潔版）
環(huán)境配置 質(zhì)檢 去接頭 比對(duì) 得到count值 最終會(huì)在目標(biāo)文件夾下面獲得兩個(gè)文件，counts.txt和counts.txt.summary。在R中進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換即可。
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單細(xì)胞個(gè)性化分析之細(xì)胞通訊篇作者，追風(fēng)少年i 組織是一個(gè)有序的統(tǒng)一體，細(xì)胞與細(xì)胞之間不是割裂的存在，而是存在頻繁的相互作用，這種相互作用，是通過配體細(xì)胞表達(dá)配體，配體作用于受體和受體細(xì)胞，從而引起受體細(xì)...
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單細(xì)胞測(cè)序揭示巨噬細(xì)胞和小膠質(zhì)細(xì)胞動(dòng)態(tài)競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系今天介紹一篇有關(guān)于單細(xì)胞揭示在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中，大腦原位的髓系細(xì)胞（小膠質(zhì)細(xì)胞）和血液來(lái)源的單核-巨噬細(xì)胞的動(dòng)態(tài)競(jìng)爭(zhēng)關(guān)系。 背景 免疫檢查點(diǎn)抑制劑是目前備受關(guān)注的藥物，其在腦腫...
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非小細(xì)胞肺癌微環(huán)境免疫模式用以腫瘤分型和病人分層2021年，Leader等人通過目前最大的非小細(xì)胞肺癌的單細(xì)胞測(cè)序和CITE-seq，對(duì)非小細(xì)胞肺癌的微環(huán)境進(jìn)行了多組學(xué)的分析，最終構(gòu)建了一個(gè)包括驅(qū)動(dòng)突變、新生抗原、免疫狀態(tài)...
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乳腺癌骨轉(zhuǎn)移微環(huán)境輔助精準(zhǔn)治療最近看到一篇單細(xì)胞與臨床相結(jié)合的文章，通過乳腺癌骨轉(zhuǎn)移的腫瘤微環(huán)境，提示腫瘤的精準(zhǔn)治療。發(fā)表在Ann Oncol. 作為一個(gè)臨床醫(yī)生，本文的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和立意非常值得探討。 本文...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
