之前寫的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習的數(shù)據(jù)都是從GEO數(shù)據(jù)庫下載的。但是從來沒有細致的了解過GEO這個數(shù)據(jù)庫。趁著還沒復工，再多學一點新知識~這次的筆記是生信技...
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GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（差異分析、可視化、GSEA）筆記回顧：1.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀?。?.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（ID轉(zhuǎn)換）3.GEO數(shù)據(jù)庫視頻學習筆記（了解你的表達矩陣） 這一講的視頻地址是：...
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零代碼——使用GEO2R進行差異分析本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號，轉(zhuǎn)載請注明出處 今天要給大家分享一個實用的差異分析工具——GEO2R。不需要語言基礎，直接點點點就可以完成。 GEO2R是GEO數(shù)據(jù)庫中的一個在...
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總結(jié)GEO數(shù)據(jù)下載問題及GEO2R數(shù)據(jù)分析學習一、數(shù)據(jù)下載 官網(wǎng)——搜索并點擊GSE、GLP相應文件下載 文件格式為: txt txt.gz（GSE文件） 二、對txt.gz文件進行解壓縮 使用Rstudio 正常...
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1.2.1 使用GEO2R分析數(shù)據(jù)GEO2R（GEO to R）是GEO數(shù)據(jù)庫自帶的數(shù)據(jù)分析工具。GEO2R可以通過可視化的方式對基因表達譜進行統(tǒng)計學分析，在操作上非常方便，但是，某些數(shù)據(jù)集不提供GEO2R功...
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通過3個數(shù)據(jù)集取差異基因的交集復現(xiàn)一篇文中的韋恩圖
老大讓復現(xiàn)的是一張韋恩圖，來自3個數(shù)據(jù)集，分別找每個數(shù)據(jù)集的差異基因，然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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基因表達分析（上）- 差異表達分析基因表達 什么是基因表達，如下是來自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 定量PCR（即時聚合酶鏈鎖反應...
