GSEA簡(jiǎn)介 基因集富集分析(GSEA)是一種計(jì)算方法,可確定先驗(yàn)定義的基因集是否在統(tǒng)計(jì)上顯示兩種生物學(xué)狀態(tài)之間存在顯著一致的差異。來自官網(wǎng):GSEA[https://www...
GSEA簡(jiǎn)介 基因集富集分析(GSEA)是一種計(jì)算方法,可確定先驗(yàn)定義的基因集是否在統(tǒng)計(jì)上顯示兩種生物學(xué)狀態(tài)之間存在顯著一致的差異。來自官網(wǎng):GSEA[https://www...
為何要降維?方便可視化探索;減輕維度詛咒;緩解共線性。降維方法:PCA, t-SNE, UMAP, SOM, LLE 1、主成分分析PCA 主成分分析(Principal C...
'patchwork:合并多個(gè)R圖的包' patchwork是基于gglot2的拼圖包,它使得基于ggplot2的圖形更容易拼接在同一個(gè)圖層。 安裝 因?yàn)樽髡邇H僅在GitHu...
R里面有很多工具包,接收的數(shù)據(jù)不能直接處理字符串像ggplot2, ggplot(data, aes(x=AAA)),這個(gè)的AAA必須是data中的表頭。如果你自己提前定義q...
MECAT2是三代測(cè)序數(shù)據(jù)PacBio的高效組裝工具,是之前MECAT的改進(jìn)版, 修復(fù)了之前的很多bug, 使用基于string graph的fsa替換了之前的mecat2c...
寫在前面 Emmmm,慢慢地發(fā)現(xiàn)越來越多 TBtools 用戶朋友發(fā)表的論文。農(nóng)學(xué)的,醫(yī)學(xué)的,大田的,分子的,濕實(shí)驗(yàn)的,數(shù)據(jù)分析的.... 我可能跟大家有所不同,看到有朋友文...
1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)推斷的難題 在RNA-seq中進(jìn)行兩組間的差異分析是最正常不過的了。 我們?cè)谄渌鼘?shí)驗(yàn)中同樣會(huì)遇到類似的分析,通常,我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據(jù)間...
這個(gè)需求真的太常見了!注意問題強(qiáng)調(diào)的幾個(gè)關(guān)鍵詞:一是快速,二是大量,三是差異明顯。在生成大量元素比較圖時(shí)要明顯區(qū)分不同樣本,比如宏基因組中的物種分析: 方法一:自定義 自定義...