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大鼠轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)
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ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的數(shù)據(jù)聯(lián)合分析實(shí)戰(zhàn)0.緣起 很多文章中用到GEPIA這個(gè)網(wǎng)頁工具來進(jìn)行TCGA和GTEx表達(dá)量的聯(lián)合比較，但在此之前我不知道要怎樣在R語言中實(shí)現(xiàn)。?這個(gè)GEPIA的文章里說： The imba...
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GWAS分析-說人話（2）認(rèn)識(shí)文件名前言 認(rèn)識(shí)文件名，這玩意太重要了！行外人看不懂啊?。。。。?！ 高逼格的東西自己閱讀參考文件了，我只上最粗暴的！～ 尼馬的，給我記好了，不然在GWAS分析的路上活不下的！??！ ...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析學(xué)習(xí)資料（GWAS tutorial）
前言 很多人問我有沒有關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。 其實(shí)我個(gè)人覺得，做這個(gè)分析，先從跑流程開始，再去看原理。 為什么這么說呢，因?yàn)閷τ诔鯇W(xué)者來說，...
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GWAS - plink介紹與安裝（Mac）此教程寫給像博主一樣的小白，歡迎各路大神批評指正 GWAS GWAS全稱“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，用于分子標(biāo)記選擇（MAS）或者基因定位。簡單來...
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上下調(diào)基因分別富集，也能一起畫圖雙向富集分析圖 1.需求 上下調(diào)基因分別富集分析，把結(jié)果放在一張圖上: 2.示例數(shù)據(jù)和r包準(zhǔn)備 模擬的是kegg的富集結(jié)果，編了一個(gè)數(shù)據(jù)。p是p值。畫圖的時(shí)候用-log10(...
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Ruizheng的數(shù)據(jù)挖掘筆記匯總
Week1 R 基本操作 DAY1 生信技能樹-數(shù)據(jù)挖掘第三期學(xué)習(xí)筆記 Hello, RDAY2 生信技能樹-數(shù)據(jù)挖掘第三期學(xué)習(xí)筆記 向量與數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)DAY3 生信...
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基于家系數(shù)據(jù)的GWAS分析
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ 通過GWAS分析可以尋找與某一疾病或性狀相關(guān)的突變位點(diǎn)，傳統(tǒng)的GWAS都是基于control/case的設(shè)計(jì)，通過比較健康人群和患病人群中突變位點(diǎn)...
