系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961]A...
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ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記3:創(chuàng)建ArchRProject -
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記2:基于ArchR推測(cè)Doublet系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961] ...
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gaston包作圖/LD.plot/三角圖/（漂亮的）連鎖不平衡圖貼一張圖博您一笑（小小鎮(zhèn)樓） 前言 相比于四四方方的相關(guān)性圖來(lái)說(shuō)，有時(shí)候三角形圖會(huì)讓人眼睛一亮；當(dāng)你見(jiàn)慣了方形圖之后，偶見(jiàn)一此類圖，會(huì)不會(huì)有新意、新鮮感。 1. 簡(jiǎn)單介紹一下...
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16S測(cè)序分析（六）用PICRUSt預(yù)測(cè)菌群KEGG代謝通路
導(dǎo)讀 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved S...
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利用HOMER預(yù)測(cè)目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項(xiàng)）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測(cè)。我所在的實(shí)驗(yàn)室通常使用FIMO（MEME套件里的一個(gè)），但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個(gè)軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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探索1核2G云服務(wù)器處理ATACseq數(shù)據(jù)寫在前面 可能第一眼看到這個(gè)標(biāo)題大家都會(huì)很奇怪，因?yàn)?G內(nèi)存的服務(wù)器還要分析上游的話，不太可能，確實(shí)在中間我把比對(duì)的過(guò)程跳過(guò)了服務(wù)器生信分析平臺(tái)配置參考https://zhu...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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monocle細(xì)胞軌跡追蹤原理我們用seurat選取HVG來(lái)進(jìn)行細(xì)胞軌跡推斷，并且過(guò)濾了一些低質(zhì)量的細(xì)胞 加載相應(yīng)的工具包 本文的數(shù)據(jù)和預(yù)處理來(lái)源于：?jiǎn)渭?xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操...
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isoform結(jié)構(gòu)繪圖----R包Gviz (IGV菀菀類卿)網(wǎng)頁(yè)參考(首推)：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz...
