發(fā)簡(jiǎn)信
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2019-10 文獻(xiàn)閱讀報(bào)告
十月文獻(xiàn)閱讀記錄 文獻(xiàn)閱讀一 Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a...
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Seurat使用教程（v3.0）Seurat使用教程（v3.0） Seurat是一個(gè)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，用于QC，分析和探索單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)，相關(guān)資料如下： 參...
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bamdst安裝及使用
得到測(cè)序文件進(jìn)行比對(duì)后經(jīng)常需要對(duì)bam文件進(jìn)行覆蓋深度、靶向捕獲效率的統(tǒng)計(jì)分析進(jìn)行初步質(zhì)控。這里介紹一個(gè)輸出結(jié)果比較多的軟件bamdst，bam...
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breakdancer軟件檢測(cè)的SV變異用annovar注釋
首先，使用ALLbio軟件下的breakdancer2vcf.py轉(zhuǎn)化breakdancer得到的out文件GitHub地址：這里代碼如下： 復(fù)...
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SV變異檢測(cè)軟件（2）-CREST的安裝及簡(jiǎn)單使用
CREST安裝 CREST是基于Split Read原理對(duì)SV結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行檢測(cè)的一個(gè)軟件。Github地址：https://github.com...
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SV變異檢測(cè)軟件（1）-breakdancer的安裝及簡(jiǎn)單使用
小的Indel（Insertion 和 Deletion），指的是在基因組的某個(gè)位置上所發(fā)生的小片段序列的插入或者刪除，其長(zhǎng)度通常在50bp以下...
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Qualimap安裝及簡(jiǎn)單使用
對(duì)于高通量測(cè)序后的文件要進(jìn)行質(zhì)控QC有多個(gè)軟件可以完成，包括最開(kāi)始的fastqc以及對(duì)sam/bam文件的質(zhì)控如：samtools、mosdep...
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【Linux小筆記】無(wú)root權(quán)限時(shí)如何安裝軟件
在服務(wù)器上經(jīng)常遇到需要安裝某個(gè)軟件包的時(shí)候發(fā)現(xiàn)需要root權(quán)限才可以執(zhí)行編譯以進(jìn)行安裝。那么除了向管理員申請(qǐng)superuser的權(quán)限這樣比較麻煩...