發(fā)簡信
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2020-04-11
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基因家族分析全套軟件
基因家族生物信息學(xué)分析 （1）基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通過基因復(fù)制進(jìn)行物種特異性擴(kuò)增，主要有染色體片段復(fù)制、串聯(lián)復(fù)制和反轉(zhuǎn)錄子...
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玫瑰圖繪制
雷達(dá)圖繪制 （1）ggplot2簡約版雷達(dá)圖 library(ggplot2) dt = data.frame(A2 = c(0, 3.33, ...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增技術(shù)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序方法詳解 1 Smart-seq2（擴(kuò)增全長轉(zhuǎn)錄組） 通過ployT抓取，只能檢測mRNA。 Smart-seq2步驟: 1通過...
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edgeR
edgeR 主要是利用了多組實(shí)驗(yàn)的精確統(tǒng)計(jì)模型或者適用于多因素復(fù)雜實(shí)驗(yàn)的廣義線性模型。 前者叫做“經(jīng)典edgeR”， 后者叫做”廣義線性模型 e...
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WGCNA代碼
WGCNA rm(list = ls()) #加載R包 library(WGCNA) library(tidyr) library(ggplot...
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HMMER3.1軟件使用
HMMER3.1軟件的使用 HMMER3.1官方下載地址：http://hmmer.org/download.html。 HMMER3.1使用手...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化--Normalization轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)經(jīng)過比對(duì)到參考基因組獲得對(duì)應(yīng)基因count值后，因?yàn)闇y序深度以及基因長度的關(guān)系，在進(jìn)行差異分析之前，還需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。標(biāo)準(zhǔn)化是轉(zhuǎn)錄組數(shù)...
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Augustus
在基因組注釋中，預(yù)測基因結(jié)構(gòu)是最核心的一環(huán)，在眾多的從頭預(yù)測軟件中，augustus應(yīng)用較廣。但是由于安裝過程依賴軟件較多，如果沒有管理員權(quán)限一...