發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：寧夏
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介（2018-06-03）[轉(zhuǎn)] GEO數(shù)據(jù)庫(kù)--檢索界面及檢索結(jié)果簡(jiǎn)介 原文：http://baijiahao.baidu.com/s?id=1575064181962032&wfr=spider&...
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DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對(duì)前言 因?yàn)榻M里面出了一批甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時(shí)候順帶記錄了學(xué)習(xí)過程，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG島定...
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中科院上海生科院碩博連讀生。<br>
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老板親自傳授的文獻(xiàn)閱讀方法前言 論一個(gè)氣場(chǎng)合適的導(dǎo)師的重要性。想起一個(gè)微信朋友前截圖 A：導(dǎo)師牛不牛，師兄師姐牛不牛，跟你牛不牛沒有關(guān)系 B：你錯(cuò)啦，導(dǎo)師牛不牛，師兄師姐牛不牛，很大程度上決定我牛不牛...
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如何快速查找物種間對(duì)應(yīng)的同源基因有時(shí)候，大家做實(shí)驗(yàn)以小鼠為模型，但希望查看與之對(duì)應(yīng)的人同源基因。像這種情況，我們可以不需要進(jìn)行序列比對(duì)來查找，因?yàn)楸容^麻煩。使用公共數(shù)據(jù)可能更高效。 1.基于NCBI Hom...
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Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為...
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生物信息常用工具和網(wǎng)站最近接二連三帶了不少實(shí)習(xí)生和輪轉(zhuǎn)生，可以預(yù)見后面幾年實(shí)驗(yàn)室再有實(shí)習(xí)或者輪轉(zhuǎn)的十有八九應(yīng)該都是我?guī)?。這一篇列舉一些生物信息部分常用工具和幾個(gè)神奇網(wǎng)站。基本上每個(gè)工具都給出一兩句...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新，文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上，在網(wǎng)上搜了一圈，關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的，這周就借此機(jī)會(huì)和大家一起來學(xué)...
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「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析談?wù)摰街毕低椿蚍治龅臅r(shí)候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個(gè)工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達(dá)到了3000多，但這個(gè)軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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基因家族分析 | 預(yù)測(cè)基因家族收縮與擴(kuò)張（orthofinder，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備: 一共會(huì)分析mouse, r...
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生信基礎(chǔ)知識(shí)復(fù)習(xí)之測(cè)序劉小澤寫于18.11.25每學(xué)習(xí)一遍之前的知識(shí)，總能從不同角度獲取一些觀點(diǎn)，然后擴(kuò)增自己的知識(shí)庫(kù)，這就是“知識(shí)迭代”這次我也就是想到哪寫到哪，把自己認(rèn)為重要的內(nèi)容梳理下，用Q...
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全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過對(duì)已有參考序列（...
