挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見各種單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)格式。現(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對(duì)象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖南
-
Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總 -
三個(gè)buff都不能讓你成功getGEO嗎問題 學(xué)員遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： 第一個(gè)buff：timeout設(shè)置 我一瞅，time out 啊。迅速發(fā)了一個(gè)鏈接，并告訴他要主動(dòng)搜索。。。 核心解決方案是一句代碼 就是把下載時(shí)間...
-
R語言代碼-繪制SCI發(fā)表級(jí)的nomogram及calibration圖需求描述 畫出paper里的nomogram圖和校準(zhǔn)曲線 出自https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1470-2045(...
-
如何在股市里實(shí)現(xiàn)財(cái)務(wù)自由如何在股市里實(shí)現(xiàn)財(cái)務(wù)自由，這是大多數(shù)人都想知道的，大多數(shù)人一生中都在追求一件事，怎么實(shí)現(xiàn)財(cái)務(wù)自由。 第一、確定目標(biāo)。你的財(cái)務(wù)自由的標(biāo)準(zhǔn)是多少，你每年要投入多少錢，每年想要賺到...
-
RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程前的準(zhǔn)備——Linux與R的環(huán)境創(chuàng)建前言：進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)，推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ)：【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...
-
基因在腫瘤與正常組織中的表達(dá)（TCGA）今天給大家介紹一款R包：TCGAExpression, 可以檢索基因在33種腫瘤組織 vs 正常組織中表達(dá)。顧名思義，這個(gè)包功能實(shí)現(xiàn)是基于TCGA數(shù)據(jù)庫。 包的安裝與加載 通...
-
ensembl_id轉(zhuǎn)換與gene symbol基因名去重復(fù)的兩種方法在RNA-seq或芯片數(shù)據(jù)下游分析中經(jīng)常遇到需要將基因表達(dá)矩陣行名的ensembl_id ( gene_id ) 轉(zhuǎn)換為gene symbol(gene_name)的情況，而...
-
使用Rstudio下載GEO芯片數(shù)據(jù)學(xué)習(xí)GEO芯片數(shù)據(jù)下載時(shí)踩了各種坑。記錄如下：跟從老師講解，嘗試使用GEOquery下載： 報(bào)錯(cuò)。下載龜速，且報(bào)錯(cuò) Timeout of 60 seconds was rea...
-
