多謝老哥，解決燃眉之急了
花生殼https無法映射Rstudio-server的解決方案之前把服務(wù)器放在家里，通過花生殼軟件進行內(nèi)網(wǎng)穿透，采用http協(xié)議進行映射。后來由于一些原因，http協(xié)議不能使用了，只能使用https。這個時候花生殼軟件映射Rstudio...
IP屬地：浙江
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謝謝很好的教程，想問一下，最后得到的眾多列表中，gene id并不是原本參考基因組注釋文件中的對應(yīng)id，是不是需要自己寫腳本進行對應(yīng)的替換？？？因為涉及到后續(xù)的差異基因功能富集、代謝通路富集等等
使用tophat2和cufflinks進行轉(zhuǎn)錄組分析
處理原始數(shù)據(jù)和參考基因組數(shù)據(jù)后，開始比對分析。將比對所需參考基因組的索引文件和基因組注釋文件存放于hg19文件夾，并將sra文件解壓至Fastq文件夾。主要步驟：1.用Tti...
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-cpu真的有用嗎？為啥我跑了近200MB的蛋白序列，一直顯示使用的200%cpu左右，沒任何反應(yīng)沒任何輸出
使用pfam-scan進行預(yù)測
一、 安裝 使用conda安裝Pfam_scan pfam_scan依賴bioperl，因此，通過conda安裝簡單快捷. 安裝hmmer3 , 使用以下命令安裝： 數(shù)據(jù)庫下...
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你好，我發(fā)現(xiàn)按照你的方法進行添加nt.fa后，注釋掉那一行后，標(biāo)準(zhǔn)輸出會輸出類似于下面的提示，沒有影響嗎？？？
Use of uninitialized value $taxid in concatenation (.) or string at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 47, <> line 356889725.
Use of uninitialized value $taxid in pattern match (m//) at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 43, <> line 356889725.
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Use of uninitialized value $taxid in pattern match (m//) at /home/zoukai/miniconda3/envs/kraken2/libexec/scan_fasta_file.pl line 43, <> line 356889725.如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...
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想知道用什么軟件，構(gòu)建背景數(shù)據(jù)庫需要哪些數(shù)據(jù)，或者是從哪里下載之類的
GO,KEGG,KOG注釋后分類柱狀圖怎么畫
如題，特別KEGG，在kaas注釋以后，得到的是一系列KO號，網(wǎng)頁版雖然有分類，但是也不能直接下載和統(tǒng)計分析，如何操作，大巴時間浪費在這種地方真的很煩躁，求大神之間，謝謝
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樓主，這個方式下載下來的文件是沒有后綴名的貌似，是不是就是和SRA格式下載下來的文件一樣？？？
Aspera Connect，高速下載sra數(shù)據(jù)
一、下載安裝Aspera Connect Linux系統(tǒng)下的Aspera Connect安裝（Windows下的Aspera Connect安裝參考）。查看最新版本的Aspe...
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TEclass完全按照說明來的，test直接報錯，即使README提高編譯用的gcc4.9.2版本，我在虛擬機重新按照Ubuntu14，然后gcc安裝到對于版本，依然出錯，錯誤代碼：
$perl TEclassTest.pl testfile.fa
Building .tmp files from .fa
1.Determining repeat orientation (forward vs. reverse)
First SVM classification:
- Making vectors ... done.
short forward_vs_reverse ... done.
medium forward_vs_reverse ... done.
xlong forward_vs_reverse ... done.
Second SVM classification:
- Making vectors ... done.
short forward_vs_reverse ... done.
medium forward_vs_reverse ... done.
xlong forward_vs_reverse ... done.
LVQ classification:
short forward_vs_reverse ... cannot open IN2 No such file or directory at TEclassTest.pl line 483.「基因組注釋」使用RepeatModeler從頭注釋基因組的重復(fù)序列
RepeatModeler可用來從頭對基因組的重復(fù)序列家族進行建模注釋，它的核心組件是RECON和RepatScout。 使用方法 以擬南芥的參考基因組為例，假設(shè)基因組的名字...
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在線提交了一個，就4M的基因組，貌似也要很久，一直沒收到郵件
【學(xué)習(xí)筆記】CRISPRCasFinder
閱讀文獻 Couvin D, Bernheim A, Toffanonioche C, et al. CRISPRCasFinder, an update of CRISRF...
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@了塵蘭若 做實驗做PCR的時候就應(yīng)該知道引物是什么了吧
2019.7.9 訓(xùn)練基于Silva數(shù)據(jù)庫的Qiime2特征分類器
材料： 1. Silva 132序列文件： 含有rep_set，taxonomy目錄 2. 引物序列： Forward:GTACTCCTACGGGAGGCAGCARevers...
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同感，現(xiàn)在是什么都搜不到了，感覺簡書是要那啥了嗎？奇怪哦
簡書是放棄搜索這一欄嗎
先前我就說過，簡書的搜索欄大有問題，其熱門文章居然半年沒有更新。 去年搜索欄還是正常的。你想搜含有什么內(nèi)容的文章，都可以搜。 比如你剛來簡書，搞不懂鉆貝是怎么回事，想搜教程，...
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倒數(shù)第二步驟貌似非常慢，查看命令好像也不能設(shè)置線程數(shù)，默認(rèn)就是一個線程在運行，真的有點難以忍受
2019.7.9 訓(xùn)練基于Silva數(shù)據(jù)庫的Qiime2特征分類器
材料： 1. Silva 132序列文件： 含有rep_set，taxonomy目錄 2. 引物序列： Forward:GTACTCCTACGGGAGGCAGCARevers...
