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snpEFF 使用小tip安裝： 構(gòu)建注釋庫 (1)由于課題中加了點變動，注釋信息有些改變，需要自己創(chuàng)建庫 首先 在snpEFF 文件夾下創(chuàng)建data 文件夾 (2)隨后...
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plink 用法
最近在學(xué)習(xí)plink軟件的用法：用到什么就查一些東西，零零碎碎，整理一下，當(dāng)做備份。 plink --file data --recodeAD ...
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機器學(xué)習(xí)分類方法小結(jié)
最近要開始做一個分類器，因此，參考了幾篇文獻(xiàn)，并在自己的數(shù)據(jù)上進行了測試，可用。1. 數(shù)據(jù)當(dāng)然了，需要準(zhǔn)備兩個數(shù)據(jù)集合，一個數(shù)據(jù)集合作為訓(xùn)練集合...
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copynumber
copynumber 是一個功能強大拷貝數(shù)分析工具，這里僅限于自己用的的部分功能，看到可用hg38版本，就嘗試運行了一下，識別CNV break...
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pip install 鏡像
最近安裝tensorflow 總是很慢，找了幾個鏡像，自己備份一下，在linux 服務(wù)器上安裝時，記得用https pip3 install -...
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breakdancer-CNV
在安裝時，使用conda 進行安裝， conda install -y breakdancer 安裝完，運行 bin/bam2cfg.pl 報錯...
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qsub 免密碼投遞任務(wù)cd ~ 為個人home 目錄目錄下很多文件： 記得改目錄權(quán)限不然，會出現(xiàn)問題chmod 700 -R .sshcd ~/.ssh/cat i...
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logistic 模型構(gòu)建
使用的是R包glmnet 函數(shù)，有些時候由于方法不收斂可以增加迭代次數(shù)，使得模型收斂。 log_res<-glm(pheno~PRS,famil...