linux刪除指定后綴的文件 find . -name "*.h5"| xargs rm -rf linux刪除文件夾 rm -rf /var/log/httpd/acce...
http://blog.sciencenet.cn/blog-3459184-1276536.html(軟件說明匯總整理) RAxML-NG tutorial (isu-mo...
引言 達爾文在19世紀中葉創(chuàng)立了科學的生物進化學說——達爾文進化論。以自然選擇為主要核心,他第一次對整個生物界中的發(fā)生和發(fā)展做出了唯物的、規(guī)律性的一個解釋,從而推翻了特創(chuàng)論等...
iTOL基本用法已經(jīng)會了,之前記錄過一點:系統(tǒng)發(fā)育(進化)樹繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用,調(diào)圖時又發(fā)現(xiàn)了...
IQtree筆記 根據(jù)windows軟件phylosuite跑的IQtree代碼,修改后在服務器中跑phylosuite原代碼 修改后代碼 -m MFP(版本1.5.4之后,...
description astral是基于java開發(fā)的根據(jù)一組無根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
筆者有話:寫這篇日志的目的在于記錄原核基因組下游分析比較基礎的步驟,使用這些工具的時候很想吐槽的點,以及一些些數(shù)據(jù)的解析防止之后自己忘得一干二凈的時候還能知道是怎么回事。希望...
該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者! 1.OrthoFinder能做什么? Ortho...
一、軟件說明 引用此軟件:Na, S. I., Kim, Y. O., Yoon, S. H., Ha, S. M., Baek, I. & Chun, J. (2018)....
生信學習資料 自學生信不求人,現(xiàn)在網(wǎng)上資料越來越豐富,但是資料多也意味著魚龍混雜,并且讓人無從選擇。正確做法應該是,找一個適合自己且完善靠譜的學習資料,從頭到尾跟一遍,代碼敲...
2021年1月12日,廣東省科學院微生物研究所朱紅惠課題組的劉陽博士在International Journal of Systematic and Evolutionary...
初次記錄時間:2021.2.5 3.12更新說明:ML建樹對與模型的替代選擇比較敏感,因此增加了第四部分推測最佳模型的方法:jModeltest和ProtTest。3.16更...
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是,常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree,如果要求準確,我會在服務器上使用RaxM...
安裝OrthoFinder 各教程一致推薦通過conda進行安裝 http://www.itdecent.cn/p/edaa744ea47d https://www.jia...
您好,我想用orthofinder得到的同源單拷貝去建樹,這些單拷貝是應該直接比對、修建、再修改id歸入各自物種,還是先把這些單拷貝歸入各自物種后再進行比對建樹,謝謝您的解答
「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析談論到直系同源基因分析的時候,大部分教程都是介紹OrthoMCL,這是2003年發(fā)表的一個工具,目前的引用次數(shù)已經(jīng)達到了3000多,但這個軟件似乎在2013年之后就不在更新,...