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發(fā)簡信
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raxml-ng modeltest-ng iqtree2網(wǎng)站們
http://blog.sciencenet.cn/blog-3459184-1276536.html（軟件說明匯總整理） RAxML-NG tutorial (isu-mo...
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系統(tǒng)發(fā)育樹理論基礎引言 達爾文在19世紀中葉創(chuàng)立了科學的生物進化學說——達爾文進化論。以自然選擇為主要核心，他第一次對整個生物界中的發(fā)生和發(fā)展做出了唯物的、規(guī)律性的一個解釋，從而推翻了特創(chuàng)論等...
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iTOL進化樹調(diào)圖細節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會了，之前記錄過一點：系統(tǒng)發(fā)育（進化）樹繪制小結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/20af7e003d19]。最近重用，調(diào)圖時又發(fā)現(xiàn)了...
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2020-12-08 IQtree學習筆記IQtree筆記 根據(jù)windows軟件phylosuite跑的IQtree代碼，修改后在服務器中跑phylosuite原代碼 修改后代碼 -m MFP（版本1.5.4之后，...
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2019-05-21-多基因聯(lián)合建樹軟件astral方法
description astral是基于java開發(fā)的根據(jù)一組無根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
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生信log13|原核基因組分析流程一：常用在線工具使用總結(jié)及評價另附一些小白Q&A（超啰嗦的筆記）筆者有話：寫這篇日志的目的在于記錄原核基因組下游分析比較基礎的步驟，使用這些工具的時候很想吐槽的點，以及一些些數(shù)據(jù)的解析防止之后自己忘得一干二凈的時候還能知道是怎么回事。希望...
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2021-03-26orthofinder尋找直系同源基因該文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 謝謝原作者！ 1.OrthoFinder能做什么？ Ortho...
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2021-6-7 UBCG使用一、軟件說明 引用此軟件：Na, S. I., Kim, Y. O., Yoon, S. H., Ha, S. M., Baek, I. & Chun, J. (2018)....
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生信log14|生信自學不求人-靠譜學習資料總結(jié)和評價生信學習資料 自學生信不求人，現(xiàn)在網(wǎng)上資料越來越豐富，但是資料多也意味著魚龍混雜，并且讓人無從選擇。正確做法應該是，找一個適合自己且完善靠譜的學習資料，從頭到尾跟一遍，代碼敲...
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【AMRA新種發(fā)表】Roseibium litorale sp. nov.鑒定及其兩個近緣物種的重新歸類
2021年1月12日，廣東省科學院微生物研究所朱紅惠課題組的劉陽博士在International Journal of Systematic and Evolutionary...
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6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安裝和使用（2021.3.16更新）初次記錄時間：2021.2.5 3.12更新說明：ML建樹對與模型的替代選擇比較敏感，因此增加了第四部分推測最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。3.16更...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準確，我會在服務器上使用RaxM...
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安裝OrthoFinder
安裝OrthoFinder 各教程一致推薦通過conda進行安裝 http://www.itdecent.cn/p/edaa744ea47d https://www.jia...
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您好，我想用orthofinder得到的同源單拷貝去建樹，這些單拷貝是應該直接比對、修建、再修改id歸入各自物種，還是先把這些單拷貝歸入各自物種后再進行比對建樹，謝謝您的解答
「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析
談論到直系同源基因分析的時候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達到了3000多，但這個軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
