awk 命令使用記錄 例1, 修改fasta序列ID 若后續(xù)只需要用到序列，不需要ID的信息，就可以把ID信息完全修改掉 例2：簡化fasta序列名字 ID 修改前后對(duì)比 ...
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Linux命令awk,sed使用
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用Python提取FASTA中最長轉(zhuǎn)錄本在對(duì)拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)，我們通常會(huì)對(duì)序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長轉(zhuǎn)錄本，所以動(dòng)手用python寫一個(gè)腳本。 一、基本...
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多物種無參Trinity組裝 | awk樣本列表
組裝策略 適用于設(shè)計(jì)多樣本多物種的組裝。例如100個(gè)樣本，10個(gè)物種。這里如果想直接完成10個(gè)de nove組裝，需要將所有樣本數(shù)據(jù)放到一起后，通過樣本信息表聲明每個(gè)樣本的物...
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提取最長蛋白序列（轉(zhuǎn)錄本一樣適用）
對(duì)于蛋白的fa文件，由于是每個(gè)轉(zhuǎn)錄本對(duì)應(yīng)一個(gè)蛋白序列。由于后期注釋需要以基因?yàn)閱挝?，因此需要?duì)fa文件進(jìn)行處理，計(jì)算每一個(gè)轉(zhuǎn)錄本的蛋白序列長度，然后提取最長的蛋白序列，該序列...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對(duì)miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測分析時(shí)，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫。通常對(duì)miRNA預(yù)測以3'UTR區(qū)域?yàn)橹?，這就需要對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫進(jìn)行UTR區(qū)域的提取。我在之前寫...
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使用TBtools進(jìn)行本地blast并根據(jù)blast結(jié)果提取相關(guān)序列TBtools 是一個(gè)集合了超多生信處理的小工具，非常方便，而且是無命令行的操作，入門門檻極低。開發(fā)者是華南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳程杰博士，TBtools文章地址：https://www...
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blast與blast+使用（參數(shù)、輸出文件格式）
一、BLAST+（NCBI發(fā)布于2009年） 下載地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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bedtools批量提取基因組指定位置序列
bedtools批量提取基因組指定位置序列 之前已經(jīng)介紹過很多提取序列的方法，有腳本的也有軟件的，這里再介紹一種方法。 用到軟件是bedtools，具體方法如下： Optio...
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如何快速從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選目標(biāo)基因！
如何從海量高通量測序數(shù)據(jù)中篩選出目標(biāo)數(shù)據(jù)？這是困擾大多數(shù)老師的一個(gè)難題！ 小編以一個(gè)excel的簡單函數(shù)為例，演示一下如何從表格中快速篩選感興趣的基因等信息。 函數(shù)的名稱是V...
