好久沒(méi)有更新文章啦~之前寫了幾篇Chip-seq相關(guān)的文檔，在果子老師的公眾號(hào)中發(fā)布了，近期得空的話應(yīng)該也會(huì)同步到簡(jiǎn)書(shū)上吧。今天開(kāi)一個(gè)新的文集，想介紹一下大名鼎鼎的Xena網(wǎng)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山東
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我暫時(shí)學(xué)不會(huì)生信，但我想快速查看TCGA數(shù)據(jù)，可以嗎？Xena說(shuō)，包在我身上！ -
統(tǒng)計(jì)多個(gè)基因列表交集并畫韋恩圖和Upset圖有時(shí)候，我們從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘了好幾組數(shù)據(jù)集的差異表達(dá)基因，我們需要統(tǒng)計(jì)這些基因列表的交集，一般可以用韋恩圖和Upset圖。而韋恩圖一般適合小樣本的交集，而多個(gè)樣本的話可以用...
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TCGA-CRC下載數(shù)據(jù) TCGA官網(wǎng)下載TCGA-COAD projiect的HTSeq-counts 和clinical的manifest文件。然后在電腦終端用gdc-client下載數(shù)...
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8.26云發(fā)育論壇報(bào)告(頡偉)聽(tīng)了頡偉老師8.26晚上的一個(gè)關(guān)于近期工作的匯報(bào)，整理如下： minor ZGA & major ZGA minor ZGA的特點(diǎn)：雖然只是少量Gene開(kāi)啟轉(zhuǎn)錄，但轉(zhuǎn)錄量可以...
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比較Endnote和CitaviOverview 我一開(kāi)始用Endnote管理軟件，后來(lái)覺(jué)得Endnote檢索文件的功能體驗(yàn)太差，換了Citavi，可能大家都很熟悉Endnote不熟悉Citavi，這里簡(jiǎn)單...
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停更
本想注銷賬號(hào)，后來(lái)隨便翻了翻，還是沒(méi)舍得。簡(jiǎn)書(shū)曾讓我投入了很多感情，碼文章也占用了我很多時(shí)間，就像自己養(yǎng)大的花一樣，不是隨便就能掐死的。停更大概一年了，主要原因是認(rèn)識(shí)到自己有...
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書(shū)籍排版軟件 R bookdown 安裝簡(jiǎn)介 R bookdown 可以看作使用 Markdown 進(jìn)行排版的 Latex 軟件。你用 Markdown 來(lái)寫文章或書(shū)籍，它用 Latex 渲染出來(lái)，輸出排版優(yōu)美的 ...
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TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析 - 簡(jiǎn)書(shū) TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測(cè)-cox回歸 - 簡(jiǎn)書(shū)...
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「r<-workshop」第一期：我理解的（生信）數(shù)據(jù)分析核心基礎(chǔ)我在簡(jiǎn)書(shū)和公眾號(hào)上已經(jīng)分享了很多之前學(xué)習(xí)的數(shù)據(jù)分析筆記和文章，覆蓋了各方面的內(nèi)容，數(shù)據(jù)分析方面以后不會(huì)再個(gè)人分享特別基礎(chǔ)的東西了。接下來(lái)我會(huì)讓師弟師妹們定期分享自己的學(xué)習(xí)過(guò)程...
