最近這段時(shí)間一直在忙著畢業(yè)論文開題，寫文獻(xiàn)綜述，各種的材料，在此期間，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)寫論文的神器，在此感謝@櫻桃家的萌帥大神的推薦，就是NoteExpress軟件，下文簡稱NE，...
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IP屬地：浙江
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寫論文必備文獻(xiàn)管理神器—NoteExpress軟件 -
RNA-seq名詞解釋（5）
（七）分子標(biāo)記相關(guān) 分子標(biāo)記：是遺傳標(biāo)記的一種，直接在 DNA 分子上檢測遺傳變異。分子標(biāo)記能對(duì)不同發(fā)育時(shí)期的個(gè)體、組織器官甚至細(xì)胞作檢測，數(shù)量極多，遍及整個(gè)基因組，多態(tài)性高...
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R語言-11利用sample函數(shù)抽樣
sample基本用法參數(shù)解釋：x表示所要抽樣數(shù)據(jù)，size表示抽樣個(gè)數(shù)，replace為T表示采取有重復(fù)的抽樣代碼目的：在1到10間有放回的隨機(jī)抽取5個(gè)數(shù) 對(duì)數(shù)據(jù)框抽取 按一...
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高通量測序中，read、contig和Scaffold分別是什么
1.什么是Reads? 高通量測序平臺(tái)產(chǎn)生的序列就稱為reads。 2.什么是Contig？ 拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)，拼接獲得的序列稱為Contig（重...
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LD單倍型塊圖的繪制大家好，今天給大家分享一個(gè)軟件(LDBlockShow)用來繪制LD單倍型塊圖。在文獻(xiàn)中我們經(jīng)?？吹絻深悎D會(huì)用到連鎖不平衡，一類是LD衰減圖，另一類就是LD單倍型塊圖。需要畫...
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R-ggplot2-說說繪圖中顏色的這點(diǎn)事-應(yīng)該是比較全的總結(jié)篇0. 問題導(dǎo)入 之前繪圖的時(shí)候，我經(jīng)常會(huì)去RGB顏色對(duì)照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手動(dòng)去摘選顏色碼，然后手動(dòng)粘到g...
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基本概念：read,contig,scaffold,N50英文內(nèi)容搬運(yùn)自：https://bioinformaticsworkbook.org/introduction/dataTerminology.html[https://bi...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析
tructure是與PCA、進(jìn)化樹相似的方法，就是利用分子標(biāo)記的基因型信息對(duì)一組樣本進(jìn)行分類，分子標(biāo)記可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，進(jìn)化樹，群體結(jié)構(gòu)分析可明...
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖，僅僅需要三列即可：a. 第...
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最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實(shí)用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進(jìn)制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動(dòng)檢測輸入的格...
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R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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ggplot2 繪制帶星號(hào)和 Pvalue 值的相關(guān)系數(shù)熱圖ggplot2 繪制相關(guān)系數(shù)熱圖 加顯著性 * 和 Pvaue 值 參考：哪里不會(huì)搜哪里，哈哈哈 其實(shí)歸根到底就是全文要敲用判斷和 paste() 或者 paste0() t...
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2020-01-15 隨機(jī)森林-原理及如何用R繪圖參考學(xué)習(xí)資料：菜鳥團(tuán)生信專題 StatQuest生物統(tǒng)計(jì)學(xué)專題 - 決策樹(1) StatQuest生物統(tǒng)計(jì)學(xué)專題 - 決策樹(2) StatQuest生物統(tǒng)計(jì)學(xué)專題 - 隨...
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R 各類循環(huán)簡介（二）
今天我們介紹下速度比較快的apply()家族函數(shù)，它的運(yùn)行速度有大神已經(jīng)測試過，詳情請(qǐng)看：http://www.itdecent.cn/p/cac358ac3033 app...
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基因型數(shù)據(jù)與1000G merge后做PCA看人群分布
寫在前面，對(duì)于生信新手來說，不熟悉代碼的基礎(chǔ)，總是空中樓閣一般，想搜一條代碼、做一些適合自己數(shù)據(jù)的運(yùn)算更是難上加難，踩過的坑總要填，為了新手們不要像我一樣浪費(fèi)時(shí)間在這苦惱的代...
