發(fā)簡(jiǎn)信
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@賊菜但是想順利畢業(yè)
安裝python 模塊 pip install csvkit
然后csvcut -t -c 列名1,列名2 文件名| csvformat -T >ouputfile 注意：-t代表tab分割，
例子:
csvcut -t -c columnname1,columnname2 filename |csvformat -T >outputfile
這種方式也比較適合小文件，大文件速度會(huì)慢些??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行
一、待解決問(wèn)題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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grep -w -f file1 file2會(huì)比較簡(jiǎn)潔一點(diǎn)
如果file是在win底下構(gòu)建的,最好使用 dos2unix file 來(lái)將換行符換成linux下的換行符??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行
一、待解決問(wèn)題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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grep -w -f file1 file2會(huì)比較簡(jiǎn)潔一點(diǎn)
如果file是在win底下構(gòu)建的,最好使用 dos2unix file 來(lái)將換行符換成linux下的換行符??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行
一、待解決問(wèn)題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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運(yùn)行不通的緣故有可能是由于win和linux里的換行符不一樣（win傳過(guò)去的文件的換行符好像是^M）
real_id=`echo $id| cut -d"^" -f1`是只取win換行符前的部分，這行看情況用??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行
一、待解決問(wèn)題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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grep -w 精確匹配
??[linux]根據(jù)一串ID批量提取另外一個(gè)文件的指定行
一、待解決問(wèn)題 A文件如下所示。tip:ID列指的是圖中帶紅框的那列,A大小73.1MB、B大小約1GBimage.png B文件是從網(wǎng)上下載的注釋文件"GCF_000001...
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人生幾何，何不Python當(dāng)歌？學(xué)習(xí)Python之路，始于爬蟲(chóng)，限于文本，忠于數(shù)據(jù)分析。目前文本和爬蟲(chóng)剛剛?cè)腴T(mén)，數(shù)據(jù)分析還未真正開(kāi)始。<br>公眾號(hào)：Python攻城獅<br><br>博客地址：<a href="https://ask.hellobi.com/blog/zhiji" rel="nofollow" target="_blank">https://ask.hellobi.com/blog/zhiji</a><br><br>掘金：<a href="https://juejin.im/user/5a30fe44f265da4324807186" rel="nofollow" target="_blank">https://juejin.im/user/5a30fe44f265da4324807186</a><br><br>Github：<a href="https://github.com/ReainL" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/ReainL</a><br><br>大人不華，君子務(wù)實(shí)。<br>轉(zhuǎn)載請(qǐng)保留原文鏈接及作者。
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專題，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了。望見(jiàn)諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
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???[R]從Github上輕松安裝R包④終極大招???[轉(zhuǎn)載][R]從Github上輕松安裝R包①—githubinstall包???[R]從Github上輕松安裝R包②補(bǔ)充???[R]從Github上輕松安裝R包③無(wú)法下載Gi...
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[R|報(bào)錯(cuò)解決]R語(yǔ)言non-zero exit status
一位師弟在服務(wù)器上安裝GSVA包時(shí)，依賴包 XML的安裝發(fā)生了錯(cuò)誤non-zero exit statusnon-zero exit status 解決方法：我找了一臺(tái)已安裝...
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我剛測(cè)試了一下，可以下載，你再搗鼓搗鼓看看
??⒅[神器-軟件]唧唧-批量下載B站視頻的神器
場(chǎng)景：某天你在B站看到了一個(gè)系列的教程，你想把它下載下來(lái)，然后在本地慢慢的看。 問(wèn)題產(chǎn)生：一個(gè)一個(gè)下~好慢吶，我該怎么辦，我想批量下載 解決方案： 在這里你可以下載到對(duì)應(yīng)的A...
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[數(shù)據(jù)庫(kù)]常用生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析軟件介紹參考資料：https://max.book118.com/html/2017/0727/124711768.shtm 先前在哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生信培訓(xùn)資料里看到了一張這樣的總結(jié)圖...
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⑨??[目錄-文集類]生信數(shù)據(jù)庫(kù)文集~目錄------更新于20191217
哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)②miRSponge、Co-LncRNA、FACER 哈醫(yī)數(shù)據(jù)庫(kù)③LncMAP、LN...
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⑧??[目錄-文集類]R語(yǔ)言學(xué)習(xí)文集~目錄------更新于20191217
1.[轉(zhuǎn)載][R]從Github上輕松安裝R包—githubinstall包 2.[R]生物信息各類ID轉(zhuǎn)換攻略 3.[R]甲基化①ChAMP幫助文檔譯[上]-甲基化分析流程...
