單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖 -
10X scRNA免疫治療學(xué)習(xí)筆記-3-走Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程劉小澤寫于19.10.15筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（三）：從featureCounts與Salmon輸出文件獲取counts矩陣本節(jié)概覽：從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構(gòu)建counts矩陣；樣品的重命名和分組；counts與TPM轉(zhuǎn)換；基因...
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轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集
寫在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計 調(diào)用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
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【原創(chuàng)】R語言實戰(zhàn)：read counts如何轉(zhuǎn)化為TPM和FPKM, TPM和FPKM相互轉(zhuǎn)化
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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單細(xì)胞之rds，loom和h5ad數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換
Seurat依舊是單細(xì)胞分析的利器，也有越來越的的單細(xì)胞分析工具基于python開發(fā)。在數(shù)據(jù)分析時，有時需要將seurat的結(jié)果遷移到python下游分析，手動遷移seura...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可視化1、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達分析差異表達分析內(nèi)容：? 基因表達量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達分析及可視化? limma-voom，edge...
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R語言繪圖 | 使用pheatmap快速繪制熱圖
歡迎關(guān)注微信公眾號“生信小王子”！熱圖是我們展示數(shù)據(jù)時常用的圖形，今天小編教大家使用"pheatmap"快速繪制熱圖。 首先，我們需要準(zhǔn)備輸入文件。比如，我想繪制熱圖來比較3...
