劉小澤寫于2020.8.5今天跟著官方文檔來看看GRanges這個對象 1 前言 內(nèi)容來自：https://bioconductor.org/packages/release...
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跟著官方文檔來看看GRanges這個對象 -
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR前面的學(xué)習(xí)筆記里，對于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包進行的。前幾天在一次偶然的機會里，有幸和一個專門做生信的老外聊了聊（紐約某校的PI），從他那里聽說...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個分析的時候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇著，所以呢，給自己找點事做，本人93年，單身，現(xiàn)居天津武清，女孩子有沒有想談戀愛了，可以聯(lián)系我，...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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使用htseq-count進行定量分析和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進行raw count定量的軟件。該軟件采用python語言進行開發(fā)，集成在HTseq這個包中。 對于pyth...
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FindVariableFeatures
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
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系統(tǒng)發(fā)育常見軟件與在線工具合集
本篇文章是為了記錄本人在系統(tǒng)發(fā)育實驗和數(shù)據(jù)分析過程中，所使用過的以及部分未使用但如雷貫耳的軟件的集合。當(dāng)然，相對于整個系統(tǒng)發(fā)育軟件之汪洋大海，此處不過一滴水！ 1. 數(shù)據(jù)獲取...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)確，我會在服務(wù)器上使用RaxM...
