一文了解單細(xì)胞對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)， 內(nèi)容構(gòu)成，對(duì)象的調(diào)用、操作，常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
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【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識(shí)Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作 -
ChromHMM——組蛋白修飾知多少
作者：Jenny審稿：童蒙編輯：amethyst ChromHMM是2012年由來自麻省理工學(xué)院布羅德研究所和美國馬薩諸塞州劍橋市哈佛大學(xué)Jason Ernst和Manoli...
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跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象劉小澤寫于2020.8.5今天跟著官方文檔來看看GRanges這個(gè)對(duì)象 1 前言 內(nèi)容來自：https://bioconductor.org/packages/release...
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ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR前面的學(xué)習(xí)筆記里，對(duì)于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包進(jìn)行的。前幾天在一次偶然的機(jī)會(huì)里，有幸和一個(gè)專門做生信的老外聊了聊（紐約某校的PI），從他那里聽說...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞過濾那些事hello，大家好，今天已經(jīng)是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇著，所以呢，給自己找點(diǎn)事做，本人93年，單身，現(xiàn)居天津武清，女孩子有沒有想談戀愛了，可以聯(lián)系我，...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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使用htseq-count進(jìn)行定量分析和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語言進(jìn)行開發(fā)，集成在HTseq這個(gè)包中。 對(duì)于pyth...
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FindVariableFeatures
??單細(xì)胞文章層出不重，但是數(shù)據(jù)格式不統(tǒng)一，卡卡在重現(xiàn)大量文章數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，有的文章提供的是處理后的單細(xì)胞矩陣，而不是原始counts，甚至有的文章提供的數(shù)據(jù)是scaled...
