主要想介紹的是下載下來(lái)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理這一塊，不是特別建議RTCGA的下載方法，列出了是因?yàn)榕聸]有源文件后續(xù)數(shù)據(jù)處理看不懂 一下載數(shù)據(jù) RTCGA下載是把所有數(shù)據(jù)一起下載下來(lái)，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：黑龍江
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘一：下載數(shù)據(jù)并提取臨床及表達(dá)矩陣信息：RTCGA包 -
RTCGA學(xué)習(xí)-指定基因在不同癌癥的表達(dá)量學(xué)習(xí)代碼引自生信技能樹https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA 1.安裝加載RTCGA：R包 2.指定基因HSF1從癌癥...
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基于液滴的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序Drop-seq：從建庫(kù)到測(cè)序的介紹說(shuō)起單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，現(xiàn)在基本已經(jīng)成為了高分文章的代名詞。由于相比于基于整塊組織或整片培養(yǎng)細(xì)胞總體RNA的bulk RNA-seq，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分辨率提高到了單個(gè)細(xì)胞的層面...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)原理：SMART、TargetAmp和10X genomics要實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞mRNA測(cè)序，需要解決2個(gè)難題：1. 一個(gè)人類細(xì)胞中，RNA總量大約只有10pg左右（1pg=10-12g），其中mRNA的量大約只有0.2pg。要把這么少的mR...
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eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個(gè)專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫(kù)是什么？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補(bǔ)完計(jì)劃”，噢不，基因型-組織表達(dá)計(jì)劃（G...
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如何利用R語(yǔ)言進(jìn)行meta分析—詳細(xì)教程（以O(shè)R值和 95%CI作為效應(yīng)尺度進(jìn)行合并）正在閱讀本文的小伙伴你好，利用R語(yǔ)言進(jìn)行meta分析是我比較重要的一次將R語(yǔ)言基礎(chǔ)理論應(yīng)用于實(shí)踐的過(guò)程，并收獲了很好的效果。這個(gè)應(yīng)用也是我的畢業(yè)論文中研究方法的核心思路...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— circlize 基因組繪圖函數(shù)繪圖函數(shù) 創(chuàng)建基因組數(shù)據(jù)的繪圖區(qū)域的函數(shù)是 circos.genomicTrack()，或者 circos.genomicTrackPlotRegions()。 其實(shí)用方式類...
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circlize R包學(xué)習(xí)【持續(xù)更新中...】顏色通明度設(shè)置 列表轉(zhuǎn)化成矩陣 查詢當(dāng)前cell的信息 chordDiagram做圈圖 生成的結(jié)果圖： circos.arrow 畫平行于圓圈的箭頭 生成的結(jié)果圖： 做多個(gè)環(huán)...
