想讓這張圖當(dāng)封面 1.1 關(guān)于 easyPubMed 作者是 Damiano Fantini ，2019-03-29 發(fā)表，甩鏈接。 看它的 Title: 搜索和讀取 Pub...
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R包安利 ① easyPubMed—PubMed利器 -
10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞的空間依賴性作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，周五了，馬上大家就可以過一個(gè)美好的禮拜天了，不過現(xiàn)在還是工作的時(shí)間，今天分享一個(gè)分析細(xì)胞類型空間依賴性的代碼，分析的結(jié)果如下圖所示： 談...
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單細(xì)胞圖表之細(xì)胞比例條形圖和自定義UMAP圖1.數(shù)據(jù) sce.all 是seurat 標(biāo)準(zhǔn)流程+singleR注釋好的對象。 2.條形圖 展示每個(gè)病人的各種細(xì)胞的比例，堆疊式的直方圖 3.自定義版本的UMAP圖 提取出...
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DNA甲基化差異的甲基化 差異的甲基化位點(diǎn)位于基因的prometer區(qū)域，我們才去保留，主要包括（TSS200和TSS1500） 注釋文件來自ChAMP工具包，data一下即可 一般的差...
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R繪圖之RGB 配色表
一些有用的鏈接： RGB 配色表[https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2012/06/13/2547604.html]：...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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從TCGA下載的甲基化數(shù)據(jù)格式解讀
我的天，第一次接觸甲基化數(shù)據(jù)，真是令人頭大。那就先從TCGA上下載某一種癌癥的甲基化數(shù)據(jù)開始吧。1、下載。數(shù)據(jù)的下載和RNA數(shù)據(jù)的下載方式是一樣的，只不過你現(xiàn)在需要選擇的是“...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組功能分析（超詳細(xì)clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）單細(xì)胞分析不可避免的會涉及到鑒定不同細(xì)胞類型的功能或比較相同類型在不同狀態(tài)下的功能差異，因此，功能分析在單細(xì)胞分析中相當(dāng)重要. 功能分析的方法很多，這兒我們主要講述3種功能分...
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GSEA 富集分析理論知識 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），該方法發(fā)表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
