一、前言 好久沒更新過文章啦，今天我們來聊一聊怎么找hubgene。 二、常見的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€疾病，通常會做一個疾病的正常和非?；虿町惐磉_(dá)分析，...
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene） -
【點(diǎn)】網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)匯總最近又做了一次這個東西，感覺意義確實(shí)不明顯，主要還是因?yàn)楝F(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的質(zhì)量不夠吧，但是在大范圍抓魚上面還是有點(diǎn)借鑒意義的，就如同生信一般，想做出亮點(diǎn)離不開扎實(shí)的濕實(shí)驗(yàn)，而且目前...
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R語言實(shí)戰(zhàn) | 新老福利~解放雙手的rstudio快捷鍵
"R實(shí)戰(zhàn)"專題·第5篇 編輯 | 科白君 本期推送內(nèi)容 學(xué)習(xí)方法一定是在學(xué)習(xí)過程中占最主要的。最近學(xué)了一些新的小技能，掌握了不少rstudio軟件中高效率的快捷鍵。我認(rèn)為，這...
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【點(diǎn)】p value、FDR、q value
假設(shè)檢驗(yàn)： 一般步驟： 1.設(shè)定假設(shè)后需要驗(yàn)證：假設(shè)0一般都是“處理組和對照組無區(qū)別” 2.構(gòu)建檢驗(yàn)統(tǒng)計量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計算統(tǒng)計量和檢驗(yàn)統(tǒng)計量 3.設(shè)定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗(yàn)統(tǒng)計...
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【點(diǎn)】count、RPM、RPKM、FPKM、TPM
為什么需要標(biāo)準(zhǔn)化 標(biāo)準(zhǔn)化的主要目的是去除測序數(shù)據(jù)的技術(shù)偏差：測序深度和基因長度。 #測序深度：一個片段測了幾遍 #測序覆蓋度：測序片段匹配到目標(biāo)區(qū)域的百分比 測序深度：測序深...
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【點(diǎn)】模型選擇標(biāo)準(zhǔn)：AIC與BIC
數(shù)據(jù)少，模型復(fù)雜，過擬合 數(shù)據(jù)多，訓(xùn)練得好，過擬合 需要標(biāo)準(zhǔn)來平衡，除了常見的正則化，還有其他標(biāo)準(zhǔn)。 1、赤池信息準(zhǔn)則（Akaike Information Criterio...
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【點(diǎn)】RR、OR、HR
RR(relative risk)：相對危險度，適用于隊列研究（真實(shí)世界追蹤研究），先選擇人群，后觀察結(jié)果。反映的是不同處理的危險率之比。 OR(odds ratio)：優(yōu)勢...
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【塊】Gene id格式轉(zhuǎn)換的多種方法
本文將逐步增加各種方法，有時間再研究各個方法的區(qū)別。每個人在轉(zhuǎn)換id格式時，可能會遇到很多與以下流程不同的情況。比如說gene id有小版本、去重后數(shù)據(jù)大量丟失等等，建議具體...
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【塊】Cibersort.R計算22種免疫細(xì)胞浸潤分?jǐn)?shù)綜合簡書作者們的文章以及自己操作，綜合整理如下，以備后面使用。有問題歡迎交流Robust enumeration of cell subsets from tissue ex...
