MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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MUMMER 兩個基因組間比較 -
序列比對軟件 MUMmer 結(jié)果文件解讀（三）該系列主要介紹了 MUMmer 軟件下核苷酸序列比對程序 nucmer 的使用，計算操作見前兩篇推文； 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.j...
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生物數(shù)據(jù)格式 - SAM/BAM格式 sam文件是短序列比對生成的文件，是二代測序中最核心的文件。在RNAseq，變異檢測等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二進制格式，轉(zhuǎn)換為二...
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5 分鐘入門 Google 最強NLP模型：BERTBERT (Bidirectional Encoder Representations from Transformers) 10月11日，Google AI Languag...
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轉(zhuǎn)錄組分析(1) - 基礎(chǔ)介紹轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)，廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。轉(zhuǎn)...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture、Tassel等，在此分享出來...
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SAMtools: SAM格式的處理利器SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式。無論是重測序，還是轉(zhuǎn)錄組，還是表觀組，...
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samtools的安裝和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進...
