看過(guò)很多GEO數(shù)據(jù)挖掘的教程,一直都是芯片數(shù)據(jù)舉例。我自己也根據(jù)流程(Taolu)分析過(guò)好幾個(gè)geo芯片數(shù)據(jù)。一直有個(gè)疑惑, GEO上都是芯片數(shù)據(jù)嗎? GSE開頭的都是芯片數(shù)...
看過(guò)很多GEO數(shù)據(jù)挖掘的教程,一直都是芯片數(shù)據(jù)舉例。我自己也根據(jù)流程(Taolu)分析過(guò)好幾個(gè)geo芯片數(shù)據(jù)。一直有個(gè)疑惑, GEO上都是芯片數(shù)據(jù)嗎? GSE開頭的都是芯片數(shù)...
與傳統(tǒng)的Over Representation Analysis: the up- or down-regulated DEGs和Gene Set Enrichment An...
表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)(expression quantitative trait locus, eQTL)是一類能夠影響基因表達(dá)量的遺傳位點(diǎn)(大部分都是單核苷酸多態(tài)性,SNP),...
引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段,彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome Wide Association ...
用clusterProfiler做其實(shí)夠用了,網(wǎng)頁(yè)在線做沒(méi)多大必要,能夠起起對(duì)照作用吧。網(wǎng)頁(yè)在線做,后續(xù)挑出自己想要的模塊,會(huì)方便一些,但自己用包做手動(dòng)挑也還好。記錄這篇,...
常規(guī)3個(gè)驗(yàn)證思路: 1)高通量的生信數(shù)據(jù)挖掘的結(jié)果,用低通量的實(shí)驗(yàn)技術(shù)去驗(yàn)證,也就是我們常規(guī)說(shuō)的,qCPR,WB/IHC簡(jiǎn)單驗(yàn)證下篩選出hub gene或者單基因的表達(dá)水平(...
在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中,我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(protein protein interaction network,PPI network)。具體而言,...
一邊學(xué)習(xí),一邊總結(jié),一邊分享! 往期WGCNA分析教程 WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一[https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-6...