錯誤一：提示ImportError: Bio.Alphabet has been removed from Biopython. In many cases, the alp...
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braker2的錯誤
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TOOL:Dsuite--基因滲入分析工具
看2020年新發(fā)表的文章[http://engine.scichina.com/doi/10.1360/SSV-2020-0126]，把基因漸滲工具分為幾類。 第一類基于種間...
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處理組裝中的污染序列
通常情況下，我們都不需要考慮組裝中的污染問題。如果我們的樣本經(jīng)過一定清洗，那么測序過程中就很少會測到目標樣本無關(guān)的序列，因此在組裝過程中，這些序列由于信號過低將不會被組裝出來...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令會不一致。一定要用對應的版本。 需要登錄google賬戶 GATK3的下載地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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將fasta格式參考基因組的每一條染色體都劃分成一個一個等長的區(qū)間（bin）
昨天晚上，有個師弟給我發(fā)消息說，說他工作遇到一問題，嘗試了一段時間也沒有解決。問題其實很簡單，就是想把某個參考基因組的每一條染色體都劃分成等長的區(qū)間，每個區(qū)間2kb，這樣的程...
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系統(tǒng)進化分析全記錄——以HDZIP3家族為例（附自動化phylogeny程序）
一、phylogeny總體分析流程 系統(tǒng)進化分析已經(jīng)是做生物學、生物信息的一項基礎分析方法了。確定同源基因、進化歷史、基因家族分析、分子進化等都需要這一技能?？傮w來說，系統(tǒng)進...
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基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
