五.種群歷史與基因交流 書接上回http://www.itdecent.cn/p/0147afc3334c[http://www.itdecent.cn/p/0147af...
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二代群體遺傳與重測序（下） -
GATK4 多個樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport
我們知道，GATK 4 多個樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件：1）a sin...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因組范圍應用廣泛的分子標記，本文介紹生態(tài)基因組學中利用GATK4軟件進行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析過程...
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PCA計算原理（超簡單，R代碼）今天介紹如下三點內(nèi)容: PCA是如何計算的 如何計算每個PC所能解釋的方差 特征值與PC解釋方差比例的關(guān)系 1. 使用R語言自帶函數(shù)prcomp計算PCA 并計算每個PC所能...
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全基因組重測序基礎及高級分析知識匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測序是通過對已有參考序列（...
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【群體遺傳】選擇信號分析-Fst、Pi1.選擇信號分析—Fst選擇信號分析 概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群...
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Fst、PI、TajimaD值的計算Fst值的計算 群體間分化指數(shù)fst,取值范圍0~1，值越大表明群體間分化程度越高，親緣關(guān)系越遠。 這個窗口大小和步長不影響結(jié)果 曼哈頓圖 首先上傳數(shù)據(jù)，每列數(shù)據(jù)類型都為數(shù)值...
