Linux筆記 Linux系統(tǒng)相關(guān) Linux文件系統(tǒng)[/p/d515fde9e8d5] Linux環(huán)境變量[/p/b32976cbfe61] Linux設(shè)定定時程序[/p/...
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單細胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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【R畫圖學(xué)習(xí)17.1】拼圖軟件1---patchwork其實前面在學(xué)習(xí)的時候也陸陸續(xù)續(xù)的用過一些拼圖的包，像par，cowplot，patchwork等。但是，感受下來好像最好用的還是patchwork，所以今天詳細的學(xué)習(xí)一下。因...
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單細胞筆記19-scATAC-seq的細胞注釋工具AtacAnnoR單細胞ATAC-seq（scATAC-seq）能夠測量單細胞水平的染色質(zhì)開放信息，是用于研究基因調(diào)控和細胞異質(zhì)性的重要方法之一。細胞注釋是scATAC-seq數(shù)據(jù)分析中最重要...
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Seurat Weekly NO.17 || 一個R包的CNS之路seurat發(fā)展歷史，cns之路 在單細胞數(shù)據(jù)分析中，特別是對初學(xué)者來說，Seurat是一個教科書級別的工具。至于這個用來分析單細胞多組學(xué)的工具為什么叫這個名字，我想，與它問...
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基礎(chǔ)知識——連鎖不平衡 Linkage disequilibrium (LD)一、概念 連鎖不平衡是指,在某一群體中，分屬兩個或兩個以上基因座的等位基因同時出現(xiàn)在一條染色體上的幾率，高于隨機出現(xiàn)的頻率。連鎖不平衡是等位基因或者遺傳標記在一個種群中表現(xiàn)出...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（五）：差異分析——DESeq2 edgeR limma的使用與比較本節(jié)概覽：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三類差異分析軟件的結(jié)果比較——相關(guān)性、韋恩圖3.選取差異基因繪制火山圖和熱圖 承接前期文章：RNA-seq入門實...
