vscode + sftp 插件，實(shí)現(xiàn)遠(yuǎn)程連接編輯服務(wù)器代碼. vscode 安裝 sftp插件 創(chuàng)建sftp配置 使用 ctrl+shift+p 快捷鍵調(diào)出輸入框，選擇 S...
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Visual Studio Code如何連接遠(yuǎn)程服務(wù)器？ -
如何上傳測序數(shù)據(jù)至NCBI？文章發(fā)表一般要求將測序數(shù)據(jù)上傳至NCBI的SRA（Sequence Read Archive）數(shù)據(jù)庫。上傳到NCBI 的數(shù)據(jù)可歸納為兩大類：測序原始數(shù)據(jù)和分析數(shù)據(jù)。原始數(shù)據(jù)（...
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skewer過濾軟件的安裝及使用skewer 是一個(gè)能快速且準(zhǔn)確地處理NGS雙端reads的接頭去除軟件。 一、安裝軟件 二、skewer命令參數(shù)詳解 三、示例
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R package：circlize環(huán)狀熱圖1.讀取基因表達(dá)數(shù)據(jù) 這是我的基因表達(dá)量數(shù)據(jù) 1.1提取部分?jǐn)?shù)據(jù)集 1.2提取基因表達(dá)值所在的列，組成新的矩陣，并將矩陣轉(zhuǎn)置 為什么要轉(zhuǎn)置，參考https://www.jia...
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Perl 數(shù)組
Perl 數(shù)組一個(gè)是存儲標(biāo)量值的列表變量，變量可以是不同類型。數(shù)組變量以 @ 開頭。 創(chuàng)建數(shù)組 添加或刪除數(shù)組元素 訪問數(shù)組元素 訪問數(shù)組元素使用 $ + 變量名稱 + [索...
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R語言-菌群alpha多樣性之箱線圖繪制箱型圖（Boxplot）或者盒圖是一種能同時(shí)展示一組或多組數(shù)據(jù)的極值、四分位數(shù)、中位數(shù)和離群值，顯示數(shù)據(jù)離散情況的統(tǒng)計(jì)圖。下面介紹一下如何在R軟件中利用箱形圖可視化兩組微生物...
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R語言-使用ggplot2繪制測序深度圖本文展示如何使用ggplot2包繪制測序reads深度分布圖，即用條形圖來展示每個(gè)位點(diǎn)的測序深度，以及用餅圖來展示檢出病原的分布。 作圖數(shù)據(jù)說明 傳遞文件1“VM00986....
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擴(kuò)增子分析軟件QIIME2 必知必會擴(kuò)增子一站式分析平臺QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接檔QIIME1 極簡操作 QIIME2是微生物組分析流程QIIME的全新版,采用P...
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R語言-使用ggplot2繪制物種豐度堆疊柱狀圖本文使用某宏基因組測序數(shù)據(jù)中的種水平類群豐度表，并直接根據(jù)所有種相對豐度總和，提取出top10豐度的種類群，作圖展示這些種的豐度組成，top10外的類群合并為“Others”...
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你好，請問一下滑窗剪切時(shí)的參數(shù)設(shè)置為多少合適呢？20:20可以嗎？另外，用Sliding Window 的話就不需要用 LEADING 和 TAILING了嗎？
NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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QIIME2微生物組分析流程
QIIME2功能介紹 1、數(shù)據(jù)導(dǎo)入 示例 2、生成OUT表 示例 3、操作特征表 特征表統(tǒng)計(jì) 過濾特征表：過濾樣本 4、多樣性分析 核心多樣性（無系統(tǒng)發(fā)育樹） alpha多樣...
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samtools軟件的安裝及用法
samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進(jìn)制查看、格式轉(zhuǎn)換、排序及合并等功能，結(jié)合sam格式中的flag、tag等信息，還可以完成比對結(jié)果的統(tǒng)計(jì)...
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FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報(bào)告的詳細(xì)解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
