如果你曾經(jīng)使用過nnUNet V1,那你一定明白數(shù)據(jù)集的命名是有嚴(yán)格要求的,必須按照特定的格式來進(jìn)行命名才能正常使用。 這一節(jié)的學(xué)習(xí)需要有數(shù)據(jù),如果你有自己的數(shù)據(jù),可以拿自己...
如果你曾經(jīng)使用過nnUNet V1,那你一定明白數(shù)據(jù)集的命名是有嚴(yán)格要求的,必須按照特定的格式來進(jìn)行命名才能正常使用。 這一節(jié)的學(xué)習(xí)需要有數(shù)據(jù),如果你有自己的數(shù)據(jù),可以拿自己...
nnUNet,這個醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的分割巨無霸!在論文和比賽中隨處可見他的身影。大家對于nnUNet v1版本的教程都贊不絕口,因為它簡單易懂、詳細(xì)全面,讓很多朋友都輕松掌握了使用方...
大多數(shù)醫(yī)學(xué)成像設(shè)備以復(fù)雜的 DICOM 格式(后綴 .dcm)的變體存儲圖像。許多科學(xué)工具希望醫(yī)學(xué)圖像以更簡單的 NIfTI 格式(后綴 nii.gz)存儲。事實上,我們做深...
優(yōu)秀的煉丹師再也不滿足單張GPU訓(xùn)練了,總想要迭代的再快點(diǎn),batchsize再大點(diǎn)。能用3D model 絕不用2D,完了!內(nèi)存超了,咋辦?急, 在線等!! 為什么要使用分...
如圖所示,做多類別分類,每個文件夾代表一個類別,所有圖像均為NIFTI格式,如何加載進(jìn) MONAI 進(jìn)行訓(xùn)練? 在這之前,我們來看看 MONAI dataset 加載方法: ...
本文跟那些長篇大論教你入門的文章大大不同??! 你讀了這些文章,對于小白來講,原理既難又枯燥,讀了等于沒讀,一樣不會用。 這里沒有枯燥的理論,沒有看不懂的術(shù)語,因為這些我也不懂...
FSL 是什么? 全名是: FMRIB's Software Library FMRIB 是 英國牛津大學(xué)腦功能磁共振成像中心,F(xiàn)SL 則是他們開發(fā)的一個軟件庫。 由 Ste...
前言 先來看看實驗: 我們使用 MNIST 手寫數(shù)字,測試通過自動編碼器和對抗性自動編碼器學(xué)習(xí)重建恢復(fù)效果。 原始圖像:image 自動編碼器重建效果image 對抗性自動編...
前面我們已經(jīng)學(xué)習(xí)了如何處理類別不平衡。這節(jié)課我們來探討第二個挑戰(zhàn)-多任務(wù)挑戰(zhàn) 目前為止,我們已經(jīng)研究了二分類,我們關(guān)心的是一個例子是否是有 mass 疾病。 然而,在現(xiàn)實世界...
如何度量兩幅圖像的相似度--結(jié)構(gòu)相似度SSIM 1. 什么是 SSIM 結(jié)構(gòu)相似性指數(shù)(Structural Similarity Index measure,SSIM)用作...
服務(wù)器上配置有多個 conda 虛擬環(huán)境,在使用jupyter notebook時需要使用其中的一個環(huán)境,但是其默認(rèn)還是使用 base 環(huán)境。 我們該怎么切換環(huán)境呢。 Jup...
文章作者:Tyan博客:noahsnail.com | CSDN | 簡書 1. 單繼承 在單繼承時,super().__init__()與Base.__init__()是一...
俗語說,“聰明的人不會兩次被同一塊石頭絆倒?!钡聦嵤?,我們嘗嘗在同一個錯誤上接二連三地摔跟頭。 我!今年在這個跟頭上摔了 三次! 第一次: 這個我之前已經(jīng)寫了文章了。在做k...
Github 單文件快速下載 -- DownGit Github 上有很多優(yōu)秀的項目 經(jīng)常去 GitHub 學(xué)習(xí)(copy)的我遇到這樣一個問題: 比如,我想只下載這樣一個文...
調(diào)整學(xué)習(xí)速率的方法有很多,如何直觀的感受學(xué)習(xí)率隨迭代的變化趨勢,以及如何獲取當(dāng)前epoch的學(xué)習(xí)速率 lr。我們可以把學(xué)習(xí)速率隨 epoch的變化畫出來。 從圖上可以看出,l...
如圖,論文中,一般都會給出平均值和標(biāo)準(zhǔn)差。 大家在寫科技論文的時候,通常用excel來整理數(shù)據(jù),那如何用excel快速實現(xiàn)“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”。 要Tina說,這很簡單!記住下...
每次激活環(huán)境都要敲 conda activate xxx,可以敲縮寫嗎,比如 ca xxx? 每次激活環(huán)境都要敲conda activate xxx可以敲縮寫嗎? 不知道你是...
最近,一個師姐(醫(yī)學(xué)博士)拿到一批相同表頭的 CSV 文件,想要它們合并在一起。不會寫代碼,只能用 EXCEL 打開文件,手動粘貼復(fù)制。 但是,又遇到問題了,她的 EXCEL...
當(dāng)我們查看分割結(jié)果時,會發(fā)現(xiàn)分割內(nèi)部偶爾會出現(xiàn)這種分割孔洞(hole)。 常識告訴我們,這個器官內(nèi)部是沒有孔洞的,因此,我們通過后處理的方法把它填上,可以提高分割準(zhǔn)確度。 這...