對(duì)于二代測(cè)序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]軟件對(duì)原始下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行全面的統(tǒng)計(jì)及繪圖，多樣本時(shí)可進(jìn)一步結(jié)合使...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
-
三代測(cè)序 - Oxford Nanopore (ONT) 數(shù)據(jù)分析 - 數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾 -
使用LFTP+FileZilla向GEO數(shù)據(jù)庫(kù)上傳數(shù)據(jù)寫在前面向GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中上傳高通量測(cè)序的文件可能是一個(gè)人研究生階段必須要經(jīng)歷的過程，如果不太了解高通量測(cè)序也不具備linux基本操作的話，可能會(huì)費(fèi)一番工夫。我采用的是LFTP...
-
R語(yǔ)言可視化學(xué)習(xí)筆記之添加p-value和顯著性標(biāo)記上篇文章中提了一下如何通過ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標(biāo)記,本文將詳細(xì)介紹。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進(jìn)行演示 比較方法 R中常用的比較方...
-
CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜?。?！各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生。。。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
-
蛋白質(zhì)經(jīng)泛素-蛋白酶體降解研究基本思路（圖文詳解）泛素和泛素化介紹 泛素 泛素為含76個(gè)氨基酸、大小約為8.6 kDa的小蛋白質(zhì)，在真核生物中普遍存在且高度保守。人類基因組中的四個(gè)基因編碼泛素：UBB，UBC，UBA52和R...
-
2?? 雙序列比對(duì)(2)：BLAST詳細(xì)操作:web版和linux版序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 網(wǎng)址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi運(yùn)行方式：本地或web 基本的BLAST工具包括： bla...
-
sam和bam格式文件的shell小練習(xí)前期準(zhǔn)備: 統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對(duì)參考基因組 統(tǒng)計(jì)共有多少種比對(duì)的類型(即第二列數(shù)值有多少種)及其分布。 3）篩選出比對(duì)失...
-
[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可視化1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
-
如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里的count數(shù)據(jù)，想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應(yīng)該怎么做呢？參考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原創(chuàng)】R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)：read cou...
