對(duì)于二代測(cè)序,可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]軟件對(duì)原始下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行全面的統(tǒng)計(jì)及繪圖,多樣本時(shí)可進(jìn)一步結(jié)合使...
對(duì)于二代測(cè)序,可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]軟件對(duì)原始下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行全面的統(tǒng)計(jì)及繪圖,多樣本時(shí)可進(jìn)一步結(jié)合使...
寫在前面向GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中上傳高通量測(cè)序的文件可能是一個(gè)人研究生階段必須要經(jīng)歷的過程,如果不太了解高通量測(cè)序也不具備linux基本操作的話,可能會(huì)費(fèi)一番工夫。我采用的是LFTP...
上篇文章中提了一下如何通過ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標(biāo)記,本文將詳細(xì)介紹。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進(jìn)行演示 比較方法 R中常用的比較方...
在開始筆記之前我只想吐槽一下,官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜?。?!各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生。。。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 (一)利用比對(duì)質(zhì)量過濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
泛素和泛素化介紹 泛素 泛素為含76個(gè)氨基酸、大小約為8.6 kDa的小蛋白質(zhì),在真核生物中普遍存在且高度保守。人類基因組中的四個(gè)基因編碼泛素:UBB,UBC,UBA52和R...
序列比對(duì)和序列特征分析總目錄 網(wǎng)址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi運(yùn)行方式:本地或web 基本的BLAST工具包括: bla...
前期準(zhǔn)備: 統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對(duì)參考基因組 統(tǒng)計(jì)共有多少種比對(duì)的類型(即第二列數(shù)值有多少種)及其分布。 3)篩選出比對(duì)失...
1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里的count數(shù)據(jù),想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應(yīng)該怎么做呢?參考文章:1.Htseq Count To Fpkm 2.【原創(chuàng)】R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn):read cou...