前言 最近一直在看小麥表觀遺傳相關(guān)的文獻(xiàn)，然后下載了文章中的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，分析的流程大致跟網(wǎng)上教程相似，但是由于小麥基因組比較大（16G），研究不像人類，小鼠及一些模式植物廣...
發(fā)簡信
IP屬地：山東
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小麥ChIP-seq初步分析 -
2021-07-08 Ka&Ks 【修正版】Ka/Ks比值：核酸分子進(jìn)化的指標(biāo)（初級篇）搬運工一枚，只為記錄學(xué)習(xí)，原文出自https://www.sohu.com/a/204503028_761120，侵權(quán)即刪 這篇文章之前推送過，但出現(xiàn)幾點瑕疵，應(yīng)廣大粉絲留言...
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基因組重復(fù)序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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JIGplot開發(fā) - 笛卡爾坐標(biāo)系 - 坐標(biāo)軸轉(zhuǎn)換寫在前面 進(jìn)行轉(zhuǎn)換 原始圖片 X軸-翻轉(zhuǎn) X軸-翻轉(zhuǎn)，Y軸-翻轉(zhuǎn) X軸與Y軸調(diào)換 X軸與Y軸調(diào)換 Y軸翻轉(zhuǎn) X軸與Y軸調(diào)換 X軸翻轉(zhuǎn) X軸與Y軸調(diào)換 X軸-翻轉(zhuǎn) Y軸-翻轉(zhuǎn)
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化。這本身比較簡單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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熱圖聚類位置不如意？你動手調(diào)啊...寫在前面 正如上圖，左右其實都是一組數(shù)據(jù)出來的圖片，基因之間的聚類關(guān)系是完全相同的，但展示的位置是不一樣的。這個功能，其實我很早就已經(jīng)間接實現(xiàn)了。這個操作實現(xiàn)，其實是一件比較...
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基因組重測序數(shù)據(jù)分析腳本
生成的文件說明： 1.~/Process/fastqc_result 用于存放質(zhì)量評估的結(jié)果2.~/Process/trim_out 用于存放過濾的結(jié)果3.~/Process...
