基于Hi-C數(shù)據(jù)的深層挖掘和多組學(xué)聯(lián)合分析已經(jīng)成為了三維基因組領(lǐng)域的重要組成部分。而工欲善其事必先利其器，夯實(shí)基礎(chǔ)方能壘砌高臺(tái)。染色質(zhì)構(gòu)象各個(gè)層級(jí)的識(shí)別和鑒定的準(zhǔn)確性會(huì)直接影...
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比較Hi-C數(shù)據(jù)分析的計(jì)算方法 -
R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggforce（線條）接上一節(jié)內(nèi)容，繼續(xù)介紹 ggforce 包的使用 2. 線條 線條一般用來連接點(diǎn)或作為路徑，線條的種類有很多，每種類型的線條提供了不同版本的函數(shù)，可以用來設(shè)置線條的漸變色、線...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 繪制多個(gè) Y 軸（補(bǔ)充）前言 上一節(jié)所介紹的繪制多個(gè) Y 軸，只能在圖形的右側(cè)依次添加 Y 軸。 在 Y 軸數(shù)量過多的情況下（當(dāng)然，軸不應(yīng)該太多），將軸平均地放置在左右兩側(cè)會(huì)更美觀些。 因此，這節(jié)主...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 對(duì)角線分割熱圖前言 不是在幫人解決問題，就是在解決問題的路上~~~。 之前所介紹的熱圖，其每個(gè)顏色塊都是一個(gè)矩形，而今天要介紹的是如何繪制對(duì)角線分割熱圖。也就是每個(gè)顏色塊矩形被對(duì)角線分割為...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 用 gtable 繪制多個(gè) Y 軸前言 經(jīng)過前面一節(jié)的介紹，我們對(duì) gtable 布局應(yīng)該有了較為清晰的認(rèn)識(shí)，下面讓我們來看看 ggplot 對(duì)象的布局 首先，使用 ggplot 創(chuàng)建一個(gè)圖形 獲取 ggpl...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— gtable 介紹前言 多次有人問我，如何使用 R 來繪制多個(gè) Y 軸。那我就研究了下，稍微介紹一下學(xué)習(xí)所得。 當(dāng)我們需要展示的數(shù)據(jù)，包含相同的 X 軸，但是具有兩個(gè)不同的 Y 軸變量時(shí)，我們...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) —— 干性指數(shù)（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干細(xì)胞(stem cells, SC)是人體內(nèi)具有自我復(fù)制和多向分化潛能的原始細(xì)胞，而這種自我更新和分化為成熟細(xì)胞的能力稱為干性 腫瘤干細(xì)胞 (cancer stem ...
